PDB-4trm: Structure of the apo form of InhA from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4trm

タイトル

Structure of the apo form of InhA from Mycobacterium tuberculosis

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ENOYL REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chollet, A. / Julien, S. / Mourey, L. / Maveyraud, L.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the enoyl-ACP reductase of Mycobacterium tuberculosis (InhA) in the apo-form and in complex with the active metabolite of isoniazid pre-formed by a biomimetic approach.
著者: Chollet, A. / Mourey, L. / Lherbet, C. / Delbot, A. / Julien, S. / Baltas, M. / Bernadou, J. / Pratviel, G. / Maveyraud, L. / Bernardes-Genisson, V.

履歴

登録	2014年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4trm.cif.gz	585.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4trm.ent.gz	485.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4trm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4trm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4trm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4trnC 4troC 2b35S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oip-1 3oew-1 4cod-d 6yuu-1 5g0w-d 4tzk-1 6sq5-1 5mtq-2 5cpf-d 4bqp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

172 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.096, 81.787, 187.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 269 / Label seq-ID: 3 - 269

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: inhA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P9WGR0, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 % (W/V) PEG 400 0.1 M sodium acetate 0.1 M Na-MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.98 Å / Num. all: 136543 / Num. obs: 136543 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 12.55
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BUSTER-TNT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2B35

2b35

解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 8.519 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21905	6889	5 %	RANDOM
R_work	0.18885	-	-	-
obs	0.19035	136543	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3 Å²	0 Å²	1.27 Å²
2-	-	-1.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11118	0	12	794	11924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	11539
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	11020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.965	15731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.594	3	25225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.036	5	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.895	24.063	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.584	15	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.056	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	13365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.668	4.016	6236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.666	4.014	6235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.36	5.701	7788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.36	5.703	7789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.167	5.583	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.157	5.584	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.627	7.365	7944
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.386	14.605	13663
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.397	13.496	13326
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14362	0.07
1	2	B	14362	0.07
2	1	A	13905	0.09
2	2	C	13905	0.09
3	1	A	13754	0.09
3	2	D	13754	0.09
4	1	A	14019	0.1
4	2	E	14019	0.1
5	1	A	13307	0.09
5	2	F	13307	0.09
6	1	B	14100	0.08
6	2	C	14100	0.08
7	1	B	13775	0.08
7	2	D	13775	0.08
8	1	B	13890	0.1
8	2	E	13890	0.1
9	1	B	13313	0.08
9	2	F	13313	0.08
10	1	C	13534	0.09
10	2	D	13534	0.09
11	1	C	13527	0.1
11	2	E	13527	0.1
12	1	C	13058	0.09
12	2	F	13058	0.09
13	1	D	13436	0.09
13	2	E	13436	0.09
14	1	D	12831	0.09
14	2	F	12831	0.09
15	1	E	13141	0.11
15	2	F	13141	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	450	-
R_work	0.417	7938	-
obs	-	-	81.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4497	-0.2008	0.018	0.2898	-0.0141	1.5104	-0.0002	-0.1599	0.3241	0.1225	-0.0381	-0.124	-0.1413	0.1199	0.0383	0.2771	-0.0263	-0.1046	0.2346	-0.0212	0.1172	15.1994	3.1327	15.6361
2	1.8416	0.0531	0.382	0.4675	-0.0678	1.2547	0.0014	0.3379	-0.065	-0.1409	-0.0399	-0.1326	0.1495	0.2267	0.0385	0.2823	0.0359	-0.0373	0.2968	0.0067	0.0681	14.9149	-5.0206	-15.7108
3	1.1631	0.2621	0.5494	1.9619	0.2579	2.4849	-0.0663	0.5548	0.0868	-0.1319	0.1283	-0.3591	-0.1391	0.898	-0.0619	0.3312	-0.0746	-0.071	0.6471	0.0259	0.1117	47.6325	5.2524	44.8205
4	1.3521	0.2698	0.0301	1.3647	-0.0932	2.9602	-0.1643	-0.0092	0.4451	0.0326	0.0044	0.1721	-0.7039	-0.3567	0.1598	0.4653	0.0547	-0.1435	0.2377	-0.0054	0.1803	28.3161	21.5114	64.7597
5	1.1843	0.3028	0.597	1.6043	0.2512	2.7186	0.1825	-0.4863	-0.0414	0.333	-0.0976	-0.0453	0.4551	-0.4931	-0.085	0.5078	-0.1324	-0.1283	0.4601	0.0338	0.034	26.9718	-4.5042	81.175
6	1.468	0.7088	0.321	1.2834	0.1412	3.349	0.2722	0.1135	-0.3249	0.0887	0.0178	-0.0445	0.9429	-0.0003	-0.29	0.5826	-0.0134	-0.2106	0.2212	-0.029	0.1259	32.0566	-19.3696	53.5791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 269
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 269

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