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- PDB-4tqx: Molecular Basis of Streptococcus mutans Sortase A Inhibition by C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqx
タイトルMolecular Basis of Streptococcus mutans Sortase A Inhibition by Chalcone.
要素Sortase
キーワードHYDROLASE / Sortase / inhibitor / Gram positive / cell wall
機能・相同性Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / membrane / ACETIC ACID / Sortase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Wallock-Richards, D.J. / Marles-Wright, J. / Clarke, D.J. / Maitra, A. / Dodds, M. / Hanley, B. / Campopiano, D.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I013687/1 英国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2015
タイトル: Molecular basis of Streptococcus mutans sortase A inhibition by the flavonoid natural product trans-chalcone.
著者: Wallock-Richards, D.J. / Marles-Wright, J. / Clarke, D.J. / Maitra, A. / Dodds, M. / Hanley, B. / Campopiano, D.J.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0944
ポリマ－22,7441
非ポリマー3503
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.822, 82.822, 57.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Sortase


分子量: 22743.783 Da / 分子数: 1 / 変異: H139A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: srtA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CM62
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1ul drops of protein plus 1ul of well solution containing: 30 % w/v peg4000, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.2 M Ammonium sulfate. 1 ml final volume in well.
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→47.44 Å / Num. all: 42782 / Num. obs: 42782 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 26 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.19
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 2.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FN5

3fn5


解像度: 1.37→47.437 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1792 2141 5.01 %Random selection
Rwork0.145 ---
obs0.1468 42770 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→47.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1563 0 22 230 1815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2232208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.001615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.40190.35191590.2882654X-RAY DIFFRACTION100
1.4019-1.43690.26781250.25082680X-RAY DIFFRACTION100
1.4369-1.47580.30281310.2232665X-RAY DIFFRACTION100
1.4758-1.51920.24461580.19582629X-RAY DIFFRACTION99
1.5192-1.56830.22651260.17072691X-RAY DIFFRACTION100
1.5683-1.62430.19711500.14372666X-RAY DIFFRACTION100
1.6243-1.68930.19641440.13892686X-RAY DIFFRACTION100
1.6893-1.76620.21121500.13622672X-RAY DIFFRACTION100
1.7662-1.85940.17631240.13082711X-RAY DIFFRACTION100
1.8594-1.97590.18181380.12762709X-RAY DIFFRACTION100
1.9759-2.12840.17371310.13082701X-RAY DIFFRACTION100
2.1284-2.34260.16611510.13132723X-RAY DIFFRACTION100
2.3426-2.68150.18561460.14062739X-RAY DIFFRACTION100
2.6815-3.37830.1771470.15292785X-RAY DIFFRACTION100
3.3783-47.46570.15381610.13722918X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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