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- PDB-4tqo: The crystal structure of methanol dehydrogenase from Methylococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqo
タイトルThe crystal structure of methanol dehydrogenase from Methylococcus capsulatus (Bath)
要素
  • Methanol dehydrogenase protein, large subunit
  • Methanol dehydrogenase, small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimer / 8-fold core propeller fold
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat ...Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / Methanol dehydrogenase protein, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Culpepper, M.A. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and Protein-Protein Interactions of Methanol Dehydrogenase from Methylococcus capsulatus (Bath).
著者: Culpepper, M.A. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32019年12月4日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
I: Methanol dehydrogenase, small subunit
A: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
J: Methanol dehydrogenase, small subunit
C: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
K: Methanol dehydrogenase, small subunit
D: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
L: Methanol dehydrogenase, small subunit
E: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
M: Methanol dehydrogenase, small subunit
F: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
N: Methanol dehydrogenase, small subunit
G: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
O: Methanol dehydrogenase, small subunit
H: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
P: Methanol dehydrogenase, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)578,30732
ポリマ－575,34416
非ポリマー2,96216
水42,3712352
1
B: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
I: Methanol dehydrogenase, small subunit
G: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
O: Methanol dehydrogenase, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5778
ポリマ－143,8364
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11930 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area39840 Å2
手法PISA
2
A: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
J: Methanol dehydrogenase, small subunit
E: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
M: Methanol dehydrogenase, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5778
ポリマ－143,8364
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area39890 Å2
手法PISA
3
C: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
K: Methanol dehydrogenase, small subunit
D: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
L: Methanol dehydrogenase, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5778
ポリマ－143,8364
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area39910 Å2
手法PISA
4
F: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
N: Methanol dehydrogenase, small subunit
H: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
P: Methanol dehydrogenase, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5778
ポリマ－143,8364
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12080 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area40070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.490, 210.290, 231.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Methanol dehydrogenase protein, large subunit


分子量: 63688.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath / 参照: UniProt: Q60AR6
#2: タンパク質
Methanol dehydrogenase, small subunit


分子量: 8229.256 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath / 参照: UniProt: Q60AR3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaHEPES pH 7.5, 30 % PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→105.15 Å / Num. obs: 199109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AD7

2ad7


解像度: 2.57→105.15 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 9930 4.99 %5
Rwork0.158 ---
obs0.16 198907 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→105.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40507 0 200 2352 43059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93356906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.08115131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0355796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.59920.29283290.22326221X-RAY DIFFRACTION100
2.5992-2.62980.27113160.22076254X-RAY DIFFRACTION100
2.6298-2.66190.27463340.21026232X-RAY DIFFRACTION100
2.6619-2.69560.27483150.20416228X-RAY DIFFRACTION100
2.6956-2.7310.26913370.20416267X-RAY DIFFRACTION100
2.731-2.76850.27233130.20286242X-RAY DIFFRACTION100
2.7685-2.8080.27653070.21216267X-RAY DIFFRACTION100
2.808-2.84990.28293340.21446276X-RAY DIFFRACTION100
2.8499-2.89450.24963120.18916243X-RAY DIFFRACTION100
2.8945-2.94190.26973570.19286218X-RAY DIFFRACTION100
2.9419-2.99260.2623440.1876277X-RAY DIFFRACTION100
2.9926-3.04710.25423300.18356279X-RAY DIFFRACTION100
3.0471-3.10570.22673640.17916174X-RAY DIFFRACTION100
3.1057-3.16910.23643510.16926260X-RAY DIFFRACTION100
3.1691-3.2380.21313070.16466303X-RAY DIFFRACTION100
3.238-3.31330.22073430.16676274X-RAY DIFFRACTION100
3.3133-3.39620.22433560.17656254X-RAY DIFFRACTION100
3.3962-3.4880.23193130.16036295X-RAY DIFFRACTION100
3.488-3.59070.19423440.15116256X-RAY DIFFRACTION100
3.5907-3.70660.18633460.15116275X-RAY DIFFRACTION100
3.7066-3.8390.1953100.14966323X-RAY DIFFRACTION100
3.839-3.99270.19283310.14376314X-RAY DIFFRACTION100
3.9927-4.17450.17413050.12626377X-RAY DIFFRACTION100
4.1745-4.39460.16023560.11796289X-RAY DIFFRACTION100
4.3946-4.66990.14873050.11276363X-RAY DIFFRACTION100
4.6699-5.03050.16143290.12046357X-RAY DIFFRACTION100
5.0305-5.53670.17123450.13166374X-RAY DIFFRACTION100
5.5367-6.33770.1863260.14266404X-RAY DIFFRACTION100
6.3377-7.98450.18113500.1436461X-RAY DIFFRACTION100
7.9845-105.23310.14693210.12156620X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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