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万見
- PDB-4tqk: Structural basis of specific recognition of non-reducing terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqk
タイトルStructural basis of specific recognition of non-reducing terminal N-acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita lection
要素Lectin 2レクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / lectin (レクチン) / GlcNAc (N-アセチルグルコサミン)
機能・相同性FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Lectin 2
機能・相同性情報
生物種Agrocybe aegerita (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hu, Y.L. / Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Sun, H. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Specific Recognition of Non-Reducing Terminal N-Acetylglucosamine by an Agrocybe aegerita Lectin.
著者: Ren, X.M. / Li, D.F. / Jiang, S. / Lan, X.Q. / Hu, Y. / Sun, H. / Wang, D.C.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin 2
B: Lectin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,59813
ポリマ－86,1652
非ポリマー2,43311
水15,745874
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area28700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.560, 111.240, 134.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lectin 2 / レクチン


分子量: 43082.289 Da / 分子数: 2 / 変異: I126T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: aal-2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6CS64
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 4000 (w/v), 6% Tacsimate pH 6.0 and 0.1M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→85.754 Å / Num. all: 41489 / Num. obs: 41489 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.166 / Rsym value: 0.141 / Net I/av σ(I): 5.185 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 126025
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.211.80.411.9846846840.320.412.270.4
2.21-2.351.90.3592.1969149950.2740.3592.578.6
2.35-2.512.10.3162.41088751650.240.3162.986.1
2.51-2.712.40.2772.81228251130.1990.2773.592.1
2.71-2.972.90.2143.61397949000.140.214595.1
2.97-3.323.40.164.71552945600.0940.167.296.8
3.32-3.8340.1126.71664041400.0620.1121198.9
3.83-4.74.60.0937.91623835490.0480.09313.699.4
4.7-6.6450.116.51410528160.0540.1111.599.8
6.64-26.285.20.0897.3820615670.0420.08913.896.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→26.28 Å / FOM work R set: 0.8568 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 1974 4.98 %
Rwork0.1714 37671 -
obs0.1748 39645 84.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.619 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.18 Å2 / Biso mean: 12.39 Å2 / Biso min: 2.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2351 Å20 Å20 Å2
2--1.3548 Å2-0 Å2
3---0.8803 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→26.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6034 0 165 874 7073
Biso mean--15.08 19.23 -
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0938591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8852210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15250.36871120.23321843195560
2.1525-2.21070.32281110.2152050216165
2.2107-2.27570.25491200.2062188230870
2.2757-2.34910.26971180.20832282240073
2.3491-2.4330.33071020.20062462256477
2.433-2.53030.33481400.20552577271781
2.5303-2.64540.26741530.19282692284586
2.6454-2.78470.28331470.1872826297390
2.7847-2.9590.26771770.18112885306292
2.959-3.18710.21391280.17123017314594
3.1871-3.50710.21421480.15473147329597
3.5071-4.01310.19031630.12863157332098
4.0131-5.05020.16271610.11853213337499
5.0502-26.2820.21011940.18423332352698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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