PDB-4tq2: Structure of S-type Phycobiliprotein Lyase CPES from Guillardia theta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tq2

タイトル

Structure of S-type Phycobiliprotein Lyase CPES from Guillardia theta

要素

Putative phycoerythrin lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

beta barrel (Βバレル) /

phycoerythrobilin

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phycocyanobilin linkage /

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Gasper, R. / Overkamp, K.E. / Frankenberg-Dinkel, N. / Hofmann, E.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Biosynthesis and Assembly of Cryptophycean Phycobiliproteins.
著者: Overkamp, K.E. / Gasper, R. / Kock, K. / Herrmann, C. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.

履歴

登録	2014年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / software / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2017年10月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation / diffrn_source

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tq2.cif.gz	76.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tq2.ent.gz	61.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qfu-1 6xib-d 3e34-3 4hnl-d 6lr8-d 2mus-d 6gl6-d 4pwc-d 6xcs-2 3dgv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative phycoerythrin lyase

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative phycoerythrin lyase

ヘテロ分子

A: Putative phycoerythrin lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.830, 116.580, 58.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: D₂ (2回x2回 2面回転対称

))

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH

#1: タンパク質	Putative phycoerythrin lyase 分子量: 21660.182 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 80-253 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Guillardia theta CCMP2712 (真核生物) 遺伝子: GUITHDRAFT_191403 / プラスミド: pASK-IBA7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L1JFC7
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.015M CoCl2, 0.085M sodium acetate pH 4.6, 0.85M 1,6-hexanediol, 7% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97794, 0.97856

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月18日

放射

モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97794	1
2	0.97856	1

Reflection

数: 129810 / R_merge(I) obs: 0.132 / Χ²: 1.14 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 18581 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
11.18	19.574	174	1	0.039
7.91	11.18	379	1	0.041
6.46	7.91	498	1	0.064
5.59	6.46	587	1	0.077
5	5.59	658	1	0.067
4.56	5	734	1	0.061
4.23	4.56	784	1	0.067
3.95	4.23	850	1	0.082
3.73	3.95	921	1	0.106
3.54	3.73	952	1	0.124
3.37	3.54	1026	1	0.148
3.23	3.37	1057	1	0.219
3.1	3.23	1094	1	0.271
2.99	3.1	1136	1	0.357
2.89	2.99	1205	1	0.506
2.8	2.89	1186	1	0.617
2.71	2.8	1302	1	0.76
2.64	2.71	1275	1	0.947
2.56	2.64	1361	1	1.184
2.5	2.56	1402	1	1.564

反射

解像度: 1.95→19.574 Å / Num. obs: 20588 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 52.8 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 24.26 / Num. measured all: 266849

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	0.593	2.094	1.42	20319	1502	1496	2.176	99.6
2-2.06	0.684	1.598	1.92	19318	1451	1446	1.661	99.7
2.06-2.12	0.807	1.266	2.45	18309	1439	1434	1.319	99.7
2.12-2.18	0.89	0.852	3.54	17536	1391	1390	0.888	99.9
2.18-2.25	0.939	0.656	4.86	18199	1354	1354	0.682	100
2.25-2.33	0.966	0.467	6.75	18025	1304	1301	0.485	99.8
2.33-2.42	0.981	0.347	8.68	17162	1247	1247	0.36	100
2.42-2.52	0.989	0.246	11.76	16486	1212	1212	0.255	100
2.52-2.63	0.995	0.169	15.96	15893	1192	1192	0.176	100
2.63-2.76	0.996	0.123	20.78	13685	1095	1095	0.128	100
2.76-2.91	0.998	0.091	26.52	13811	1056	1056	0.095	100
2.91-3.08	0.999	0.068	36.14	13942	1015	1015	0.07	100
3.08-3.3	0.999	0.048	47.66	12594	948	948	0.05	100
3.3-3.56	1	0.039	56.19	11508	904	903	0.041	99.9
3.56-3.9	0.999	0.034	60.87	9359	815	814	0.036	99.9
3.9-4.36	0.999	0.032	68.26	8474	748	746	0.033	99.7
4.36-5.04	0.999	0.028	76.51	8325	671	670	0.03	99.9
5.04-6.17	1	0.029	72.15	6506	570	570	0.03	100
6.17-8.72	1	0.027	68.95	4644	452	451	0.029	99.8
8.72-19.574	1	0.026	77.82	2754	276	248	0.027	89.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散
Phasing MAD	D res high: -0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.574 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	1029	5 %
R_work	0.2093	19551	-
obs	0.2111	20580	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 253.41 Å² / B_iso mean: 73.4298 Å² / B_iso min: 32.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→19.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1422	0	22	28	1472
B_iso mean	-	-	83.09	59.44	-
残基数	-	-	-	-	177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	1466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.544	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.668	550

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.95-2.0527	0.3286	144	0.3145	2737	2881
2.0527-2.1812	0.3401	144	0.2839	2754	2898
2.1812-2.3493	0.3302	146	0.2637	2765	2911
2.3493-2.5853	0.2949	146	0.2476	2766	2912
2.5853-2.9583	0.2842	147	0.2375	2800	2947
2.9583-3.7229	0.225	148	0.2134	2809	2957
3.7229-19.575	0.2227	154	0.181	2920	3074

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関連情報:EMDBヘッダ

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