PDB-4tpw: The co-complex structure of the translation initiation factor eIF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tpw

タイトル

The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

PROTEIN BINDING / eIF4E / 4EGI1 / allosteric / translation initiation inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / Transport of the SLBP independent Mature mRNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Wagner, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the eukaryotic translation initiation factor eIF4E in complex with 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G.
著者: Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Kabha, E. / Takrouri, K.J. / Yi, T. / Salvi, N. / Luna, R.E. / Gavathiotis, E. / Mahalingam, P. / Arthanari, H. / Rodriguez-Mias, R. / Yefidoff-Freedman, R. / ...

履歴

登録	2014年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact Item: _atom_site.id / _atom_site_anisotrop.id ..._atom_site.id / _atom_site_anisotrop.id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 2.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tpw.cif.gz	259.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tpw.ent.gz	211.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/4tpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/4tpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tqbC 4tqcC 1ej1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tqb-1 7meu-1 7meu-2 6ylr-1 5m7z-2 6gkk-4 6lxq-d 3b5e-2 5osx-1 2xtm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (19) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (19)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

46.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.340, 73.200, 65.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 22290.334 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#2: 化合物	ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸分子量: 538.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉N₅O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-33R / (2E)-2-{2-[4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid 分子量: 451.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₂Cl₂N₄O₄S
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→19.7 Å / Num. obs: 54446 / % possible obs: 95.15 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 21.51
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1EJ1

1ej1

解像度: 1.5→19.666 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	2377	4.37 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1725	54437	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3032	0	107	424	3563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	4543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.058	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5306	0.3293	143	0.3248	3067	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5306-1.5639	0.3279	142	0.3038	3160	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5639-1.6003	0.3252	145	0.2817	3065	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6003-1.6403	0.2671	143	0.2577	3179	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6403-1.6846	0.2627	151	0.2379	3079	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6846-1.7341	0.276	137	0.2273	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7341-1.7901	0.2518	138	0.2099	3130	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7901-1.854	0.2415	148	0.2012	3083	X-RAY DIFFRACTION	97
1.854-1.9282	0.1867	134	0.1909	3113	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9282-2.0158	0.2348	134	0.1795	3086	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0158-2.122	0.1819	139	0.1646	3059	X-RAY DIFFRACTION	95
2.122-2.2548	0.1685	132	0.1612	3053	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2548-2.4286	0.1715	136	0.1548	3034	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4286-2.6724	0.2023	135	0.1654	3013	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6724-3.0579	0.166	137	0.1651	2982	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0579-3.8479	0.1488	140	0.1393	2907	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8479-19.6676	0.1876	143	0.1482	2879	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2631	0.1984	2.3896	2.8265	0.4364	4.3276	-0.085	-0.0142	0.2638	-0.2392	-0.0119	0.0722	-0.0556	-0.0545	0.1533	0.1723	-0.02	0.0701	0.1541	0.0044	0.1575	6.1028	-4.304	-0.5472
2	4.5179	3.0196	5.7945	5.9197	3.0739	7.7413	-0.225	0.1718	0.8789	-0.3797	-0.1095	0.265	0.0384	-0.1041	0.3575	0.2333	0.0154	-0.0103	0.223	0.0254	0.2223	0.099	-0.6325	-4.8745
3	3.0156	-0.9664	1.5091	4.005	0.4462	4.7997	-0.1326	-0.0413	0.2125	-0.1449	0.1416	-0.0981	-0.1178	0.0862	0.0191	0.1328	-0.0169	0.0198	0.1636	0.0216	0.1774	11.4158	-2.0689	8.4005
4	3.3794	2.228	3.2005	4.8879	-0.6434	5.2049	0.0811	-1.0569	-0.1943	0.6097	-0.437	1.8073	0.2215	-0.3457	0.3845	0.4032	0.0837	0.0878	0.6658	-0.0018	0.6719	-4.1881	-1.7773	10.3507
5	7.9726	0.188	2.0144	5.3538	0.2008	5.3504	0.1293	0.2428	0.1576	-0.6399	-0.0467	0.3347	-0.2081	-0.0427	-0.1453	0.2735	0.0322	-0.0183	0.1642	0.0285	0.1872	3.509	-8.9911	-5.4779
6	5.2147	2.9197	-3.0706	8.1137	-1.289	1.9297	-0.0268	0.6569	0.1777	-1.1563	0.1802	-0.6141	-0.1213	0.3307	-0.2775	0.5138	0.0943	0.0448	0.3336	-0.0335	0.2154	8.2453	-15.6413	-13.9606
7	4.4905	-1.6069	-1.2799	5.3095	1.0708	4.6259	0.0705	-0.7057	-0.0416	0.4235	-0.0239	0.9618	0.2212	-0.5338	0.0357	0.3194	-0.102	0.0644	0.4602	-0.0356	0.3965	-5.0392	-18.5789	7.5079
8	7.3673	-0.8291	-0.5022	4.9103	0.0406	4.3087	0.2513	-0.1441	0.0454	0.1806	-0.0746	0.0774	0.1916	-0.1275	-0.1344	0.1473	-0.0358	0.0083	0.158	0.0088	0.1495	6.4057	-14.1786	9.3854
9	3.7801	-3.565	1.2167	3.638	0.356	8.7965	-0.1764	0.237	-0.3409	-0.4794	0.006	-0.4887	0.0589	1.5719	0.1327	0.3049	0.058	0.0285	0.4012	-0.0553	0.3763	17.74	-21.4803	0.2562
10	5.1072	-0.3232	0.5527	4.3897	-0.0363	3.856	0.0813	-0.0515	-0.1401	-0.0265	-0.1024	0.3843	0.3597	-0.3751	0.024	0.1798	-0.0363	-0.0127	0.1699	-0.0112	0.1445	-0.143	-15.437	0.1825
11	8.151	-2.6428	0.9917	2.9967	-2.5923	2.766	0.6842	0.4834	-0.7892	-1.192	-0.1945	-0.021	0.6744	0.6619	-0.4824	0.5917	0.1089	-0.0055	0.3915	-0.0916	0.3556	10.4687	-27.6217	-8.4885
12	7.1397	1.3971	-3.5464	4.1735	1.4223	3.0868	0.1431	-0.1893	-0.5422	0.104	-0.2931	-0.1503	0.327	0.198	-0.0028	0.3184	0.0111	-0.0595	0.2052	-0.0017	0.2777	9.4353	-26.052	3.3168
13	9.6471	3.9975	-4.0219	2.1491	0.0715	8.5569	0.6156	-0.5329	-0.654	0.5591	-0.5268	-0.0911	-0.2893	0.3401	-0.0259	0.3554	-0.0881	-0.0806	0.3121	0.0206	0.2709	6.8273	-22.7524	11.8171
14	6.0598	1.2106	-2.533	4.3492	-1.13	5.1963	0.205	-0.3133	-0.4688	0.2613	-0.2515	0.2105	0.1083	-0.2257	-0.0864	0.4372	-0.0593	-0.0897	0.2387	0.0003	0.3296	-0.4043	-28.3796	4.7346
15	5.8329	-0.3106	3.9233	2.424	0.6648	2.9518	0.0688	0.4115	-0.2634	-1.4539	-0.0942	1.2251	0.2353	-0.8277	0.1752	0.5166	0.0103	-0.1898	0.3954	-0.08	0.3847	-3.6508	-22.0644	-11.4472
16	7.1782	-1.3573	1.012	8.1162	-3.7591	2.4759	-0.258	0.4107	0.1668	-0.4008	0.0403	1.1675	-0.8708	-0.7417	0.1668	0.5276	0.0283	-0.147	0.3644	-0.0764	0.4507	-2.9612	-27.7914	-4.5154
17	2.4274	-0.0244	2.1274	3.1997	4.3835	8.4279	0.1272	0.7742	-0.2823	0.2434	0.2368	-0.8317	0.2759	0.5505	-0.3225	0.2644	0.0731	0.03	0.3057	-0.0149	0.3663	21.5319	-22.4482	15.0456
18	5.6428	-1.4403	-2.1774	4.7474	0.5887	6.2478	0.0501	-0.1199	-0.2922	0.4484	-0.0746	-0.015	0.2506	-0.0877	0.1026	0.2165	-0.0315	-0.0379	0.1278	0.0238	0.1835	14.5609	-19.0148	31.1914
19	4.6527	0.8267	0.057	2.3703	3.7535	9.5715	-0.5118	0.2321	0.0649	-0.0114	0.6636	1.0023	-0.5268	-0.7283	-0.3349	0.9209	0.024	0.1398	0.9211	0.1026	0.8005	3.8902	-16.7514	47.1255
20	1.6055	0.3468	-0.6225	1.6592	-0.093	4.6289	0.0727	-0.0493	-0.0993	0.1531	0.0151	-0.0484	0.3621	-0.0718	-0.1363	0.2272	-0.0287	-0.0121	0.1408	0.0199	0.2144	12.373	-20.7701	28.2664
21	6.175	0.2454	0.8405	3.7333	2.917	2.3659	0.2853	-0.0897	-0.6417	0.8378	0.0701	0.6526	1.3062	-0.7518	0.3976	0.4721	-0.1532	-0.0612	0.363	0.0145	0.3559	1.9373	-18.5789	25.4031
22	2.1095	-0.7187	-0.0064	3.9565	-0.1529	4.1893	-0.0002	-0.165	-0.1968	0.5482	0.0106	0.1819	0.0612	-0.2511	-0.0238	0.2943	-0.0343	0.0107	0.1747	0.0508	0.2308	11.0583	-14.2053	34.0169
23	0.7363	0.0809	-2.5366	5.402	-1.0277	8.9576	0.0077	-0.9956	-0.5145	0.3062	0.1239	-0.5477	0.1655	0.2901	0.216	0.4231	-0.0301	-0.1927	0.3272	0.0748	0.3402	23.9804	-11.5251	39.3883
24	4.9255	0.8058	1.8562	3.9602	0.2148	4.2183	0.0218	-0.1406	0.2542	0.3403	-0.1035	0.4443	0.0341	-0.471	0.0037	0.2431	-0.0107	0.0465	0.2195	-0.0106	0.2308	7.4351	-1.5792	30.1705
25	2.2077	-0.8423	0.2711	4.5406	-0.1592	3.2446	0.0204	0.0606	0.0804	0.1179	-0.0488	-0.0879	-0.039	-0.0246	0.0633	0.1304	-0.0156	0.0233	0.1506	0.0099	0.1545	12.2756	-8.7238	21.4343
26	5.3138	7.0467	-0.5729	9.3664	-0.798	4.7093	0.151	0.6275	-0.2656	-0.2377	0.3138	-0.8067	0.2358	1.0171	-0.0201	0.1773	-0.0013	0.0098	0.4153	-0.0378	0.4349	27.4664	-5.3606	21.9497
27	4.8971	0.2675	0.0517	4.5771	0.208	3.9174	-0.0828	-0.3098	0.1432	0.4815	-0.056	0.0114	-0.1011	-0.1166	0.0998	0.2523	-0.0089	-0.0142	0.1369	-0.0032	0.1483	13.4976	-5.8705	33.0619
28	6.7836	0.469	-0.8636	4.826	-2.6974	1.7729	0.2869	0.2807	0.0028	0.5193	-0.245	-0.7088	-0.0883	0.6897	0.0507	0.2012	-0.039	-0.0268	0.2642	0.0157	0.3023	25.4371	2.5683	27.8299
29	6.3998	-0.6686	0.3177	3.0283	4.6071	7.3437	-0.0833	0.2067	0.3427	-0.8056	-0.0804	0.066	-0.2821	0.1689	0.1682	0.1744	-0.0106	0.0054	0.2013	0.0118	0.2099	15.4458	1.4051	20.2187
30	0.5164	1.3099	0.2541	4.0366	2.1704	3.6019	-0.0653	-0.1628	0.1555	-0.1196	-0.1915	0.4141	-0.5754	-0.5718	0.1842	0.286	0.0264	-0.0014	0.243	-0.0249	0.2602	10.684	5.5335	25.1616
31	7.2292	-0.1024	3.7166	5.6738	-0.3865	1.9451	0.4613	-0.8331	0.3241	1.3739	-0.6868	0.5759	-0.7016	-0.4461	0.273	0.7102	-0.1259	-0.0257	0.3252	-0.0353	0.2811	16.8172	-0.3645	42.5957
32	7.7788	0.9024	1.02	7.4599	-3.4936	2.0211	0.2101	-1.2213	0.096	1.2625	0.3949	0.2283	-0.6916	-0.394	-0.5793	0.5515	0.0338	-0.0019	0.4342	0.0052	0.3496	15.5025	5.9746	38.0934
33	0.2212	-0.0799	-0.2185	0.1342	0.007	0.3908	0.3769	-0.5288	-0.0957	0.5305	-0.3395	0.4658	0.372	-0.9482	-0.0059	0.5716	-0.0025	-0.1235	0.5563	-0.1006	0.4228	-7.4637	-14.2378	-6.8212
34	0.7739	0.5406	0.0421	0.4383	-0.0486	0.1052	0.1011	-0.2898	0.8341	0.6898	-0.3403	0.2362	-0.0542	-0.7068	-0.0045	0.5844	-0.0533	-0.0369	0.3759	-0.0285	0.3272	9.5258	-7.1079	42.7941
35	7.6938	1.4668	-2.6406	4.9126	3.1996	3.8666	-1.0603	0.0274	0.5652	0.2805	-0.0388	0.7272	0.3161	0.4937	1.0783	0.3472	0.0338	-0.0052	0.3737	-0.015	0.4836	-4.4928	2.2717	1.0797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 33:57 )	A	33 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 58:64 )	A	58 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 65:78 )	A	65 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 79:87 )	A	79 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 88:104 )	A	88 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 105:109 )	A	105 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 110:124 )	A	110 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 125:141 )	A	125 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 142:147 )	A	142 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 148:168 )	A	148 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 169:174 )	A	169 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 175:184 )	A	175 - 184
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 185:189 )	A	185 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 190:198 )	A	190 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 199:206 )	A	199 - 206
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 207:217 )	A	207 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 35:40 )	B	35 - 40
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 41:49 )	B	41 - 49
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 50:55 )	B	50 - 55
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 56:77 )	B	56 - 77
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 78:82 )	B	78 - 82
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 83:102 )	B	83 - 102
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 103:107 )	B	103 - 107
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 108:125 )	B	108 - 125
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 126:142 )	B	126 - 142
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 143:147 )	B	143 - 147
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 148:170 )	B	148 - 170
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 171:180 )	B	171 - 180
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 181:186 )	B	181 - 186
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN B AND RESID 187:197 )	B	187 - 197
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN B AND RESID 198:206 )	B	198 - 206
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN B AND RESID 207:217 )	B	207 - 217
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN A AND RESID 301:301 )	A	301
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN B AND RESID 301:301 )	B	301
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN A AND RESID 302:302 )	A	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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