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- PDB-4toz: MppA Periplasmic Murein Tripeptide Binding Protein, Unliganded Op... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4toz
タイトルMppA Periplasmic Murein Tripeptide Binding Protein, Unliganded Open Form
要素Periplasmic murein peptide-binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / periplasmic ligand binding protein / Murein Tripeptide Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptide transport / peptidoglycan-associated peptide transport / oligopeptide binding / tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / heme transmembrane transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / Heme assimilation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...tripeptide transport / peptidoglycan-associated peptide transport / oligopeptide binding / tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / heme transmembrane transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / Heme assimilation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic murein peptide-binding protein MppA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Jeffery, C.J. / Bhatt, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Open Conformation of the E. coli Periplasmic Murein Tripeptide Binding Protein, MppA, at High Resolution
著者: Bhatt, F. / Patel, V. / Jeffery, C.J.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic murein peptide-binding protein
B: Periplasmic murein peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6013
ポリマ－117,4792
非ポリマー1221
水29,6711647
1
A: Periplasmic murein peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8612
ポリマ－58,7391
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Periplasmic murein peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7391
ポリマ－58,7391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.970, 76.810, 89.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic murein peptide-binding protein


分子量: 58739.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-537 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: mppA, ynaH, b1329, JW1322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77348
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: drop contained 2 microliters of 10 mg/mL protein solution and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→90 Å / Num. obs: 162196 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.008 % / Net I/σ(I): 38.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
AMoRE位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RKM

1rkm


解像度: 1.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 7938 4.9 %
Rwork0.18 153654 -
obs-161592 99.6 %
溶媒の処理Bsol: 56.8983 Å2
原子変位パラメータBiso max: 94.21 Å2 / Biso mean: 16.1 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.943 Å20 Å2-0.259 Å2
2---1.945 Å20 Å2
3---1.002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8148 0 8 1647 9803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.251
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6732.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep2.paramprotein2.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5tris.paramtris.topology

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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