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- PDB-4toc: 2.25A resolution structure of Iron Bound BfrB (Q151L) from Pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4toc
タイトル2.25A resolution structure of Iron Bound BfrB (Q151L) from Pseudomonas aeruginosa
要素Bacterioferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / iron binding / iron mobilization
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1158469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Concerted motions networking pores and distant ferroxidase centers enable bacterioferritin function and iron traffic.
著者: Yao, H. / Rui, H. / Kumar, R. / Eshelman, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Im, W. / Rivera, M.
履歴
登録2014年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
M: Bacterioferritin
N: Bacterioferritin
O: Bacterioferritin
P: Bacterioferritin
Q: Bacterioferritin
R: Bacterioferritin
S: Bacterioferritin
T: Bacterioferritin
U: Bacterioferritin
V: Bacterioferritin
W: Bacterioferritin
X: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,432164
ポリマ－445,56524
非ポリマー14,868140
水38,0122110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.591, 203.221, 207.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid
51chain E and segid
61chain F and segid
71chain G and segid
81chain H and segid
91chain I and segid
101chain J and segid
111chain K and segid
121chain L and segid
131chain M and segid
141chain N and segid
151chain O and segid
161chain P and segid
171chain Q and segid
181chain R and segid
191chain S and segid
201chain T and segid
211chain U and segid
221chain V and segid
231chain W and segid
241chain X and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0
411chain D and segidD0
511chain E and segidE0
611chain F and segidF0
711chain G and segidG0
811chain H and segidH0
911chain I and segidI0
1011chain J and segidJ0
1111chain K and segidK0
1211chain L and segidL0
1311chain M and segidM0
1411chain N and segidN0
1511chain O and segidO0
1611chain P and segidP0
1711chain Q and segidQ0
1811chain R and segidR0
1911chain S and segidS0
2011chain T and segidT0
2111chain U and segidU0
2211chain V and segidV0
2311chain W and segidW0
2411chain X and segidX0
詳細The asymmetric unit contains one biological unit

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要素

#1: タンパク質 ...
Bacterioferritin


分子量: 18565.197 Da / 分子数: 24 / 変異: Q151L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Colour: Red Prism / マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 35% (v/v) MPD, 0.1M MES, 0.2M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.73964 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.35 Å / Num. obs: 250626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 1749112
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.7 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.25-2.290.9672.482873123540.680.403100
12.32-49.350.07830.91133216930.9930.03298.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1450)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IS7

3is7


解像度: 2.25→49.35 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1915 24449 5.03 %
Rwork0.1539 461135 -
obs0.1558 485584 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.79 Å2 / Biso mean: 32.3166 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30343 0 676 2110 33129
Biso mean--37.36 39.31 -
残基数----3730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01131479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02342635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5311671
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
12B23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
13C23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
14D23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
15E23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
16F23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
17G23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
18H23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
19I23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
110J23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
111K23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
112L23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
113M23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
114N23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
115O23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
116P23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
117Q23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
118R23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
119S23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
120T23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
121U23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
122V23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
123W23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
124X23144X-RAY DIFFRACTION5.717TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.27560.29698430.25661550416347
2.2756-2.30230.28687860.24361519915985
2.3023-2.33040.27278250.23631543316258
2.3304-2.35990.29018430.23571530416147
2.3599-2.3910.25478320.20851530016132
2.391-2.42370.24877830.19561541716200
2.4237-2.45840.23228800.18541532116201
2.4584-2.4950.23358140.18051532016134
2.495-2.5340.23438380.18081534716185
2.534-2.57560.238230.18131533416157
2.5756-2.620.21458540.16521534116195
2.62-2.66760.21747820.1641542816210
2.6676-2.71890.21668310.16191534816179
2.7189-2.77440.21228010.15971540816209
2.7744-2.83470.19898880.15121532316211
2.8347-2.90070.18097590.13861541816177
2.9007-2.97320.21758110.15121538316194
2.9732-3.05360.19058610.15221533516196
3.0536-3.14340.19957820.14931546816250
3.1434-3.24490.19657400.1491536716107
3.2449-3.36080.17087690.14131545216221
3.3608-3.49530.17478340.14171541816252
3.4953-3.65440.18618070.13451531116118
3.6544-3.8470.15848510.12881538516236
3.847-4.08790.16037980.1211539416192
4.0879-4.40330.13827880.10671538516173
4.4033-4.84610.14227950.11941535416149
4.8461-5.54650.1758400.14591536316203
5.5465-6.98490.21337870.19371541716204
6.9849-49.350.16038040.15691535816162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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