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- PDB-4tnh: RT XFEL structure of Photosystem II in the dark state at 4.9 A re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tnh
タイトルRT XFEL structure of Photosystem II in the dark state at 4.9 A resolution
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 16
  • Cytochrome c-550
  • Photosystem Q(B) protein 1
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / water oxidation / membrane protein (膜タンパク質) / X-ray free electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / フェオフィチン ...Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / フェオフィチン / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 4.90000680874 Å
データ登録者Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. ...Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, B. / Chatterjee, R. / Brewster, A. / Stan, C.A. / Gloeckner, C. / Lampe, A. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Gallo, E. / Uhlig, J. / Sokaras, D. / Weng, T.-C. / Zwart, P.H. / Skinner, D.E. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Glatzel, P. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM055302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095887 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102520 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Taking snapshots of photosynthetic water oxidation using femtosecond X-ray diffraction and spectroscopy.
著者: Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, ...著者: Kern, J. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Koroidov, S. / Echols, N. / Hattne, J. / Ibrahim, M. / Gul, S. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Gildea, R.J. / Han, G. / Hellmich, J. / Lassalle-Kaiser, B. / Chatterjee, R. / Brewster, A.S. / Stan, C.A. / Glockner, C. / Lampe, A. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Gallo, E. / Uhlig, J. / Sokaras, D. / Weng, T.C. / Zwart, P.H. / Skinner, D.E. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Glatzel, P. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Other
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem Q(B) protein 1
B: Photosystem II core light harvesting protein
C: Photosystem II CP43 protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Y: Photosystem II reaction center protein Y
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem Q(B) protein 1
b: Photosystem II core light harvesting protein
c: Photosystem II CP43 protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
g: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
G: Photosystem II reaction center protein Y
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)762,725224
ポリマ－627,10640
非ポリマー135,619184
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.885, 229.033, 307.715
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27
18
28
19
29
110
210
111
211
112
212
113
213
114
214
115
215
116
216
117
217
118
218
119
219

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAchain 'A'AA10 - 34410 - 344
21SERSERALAALAchain 'a'aU10 - 34410 - 344
12GLYGLYVALVALchain 'B'BB2 - 4912 - 491
22GLYGLYVALVALchain 'b'bV2 - 4912 - 491
13ASPASPASPASPchain 'C'CC27 - 47315 - 461
23ASPASPASPASPchain 'c'cW27 - 47315 - 461
14GLYGLYLEULEUchain 'D'DD13 - 35213 - 352
24GLYGLYLEULEUchain 'd'dX13 - 35213 - 352
15GLYGLYLYSLYSchain 'E'EE3 - 843 - 84
25GLYGLYLYSLYSchain 'e'eY3 - 843 - 84
16VALVALARGARGchain 'F'FF11 - 4511 - 45
26VALVALARGARGchain 'f'fZ11 - 4511 - 45
17ALAALAGLYGLYchain 'H'HG2 - 662 - 66
27ALAALAGLYGLYchain 'h'hAA2 - 662 - 66
18METMETLYSLYSchain 'I'IH1 - 351 - 35
28METMETLYSLYSchain 'i'iBA1 - 351 - 35
19ARGARGLEULEUchain 'J'JI7 - 407 - 40
29ARGARGLEULEUchain 'j'jCA7 - 407 - 40
110LYSLYSARGARGchain 'K'KJ10 - 4610 - 46
210LYSLYSARGARGchain 'k'kDA10 - 4610 - 46
111METMETASNASNchain 'L'LK1 - 371 - 37
211METMETASNASNchain 'l'lEA1 - 371 - 37
112METMETLYSLYSchain 'M'ML1 - 341 - 34
212METMETLYSLYSchain 'm'mFA1 - 341 - 34
113THRTHRALAALAchain 'O'OM30 - 27230 - 272
213THRTHRALAALAchain 'o'oGA30 - 27230 - 272
114METMETLYSLYSchain 'T'TN1 - 321 - 32
214METMETLYSLYSchain 't'tHA1 - 321 - 32
115GLUGLULYSLYSchain 'U'UO38 - 13438 - 134
215GLUGLULYSLYSchain 'u'uIA38 - 13438 - 134
116ALAALATYRTYRchain 'V'VP27 - 16327 - 163
216ALAALATYRTYRchain 'v'vJA27 - 16327 - 163
117THRTHRGLNGLNchain 'X'XR11 - 472 - 38
217THRTHRGLNGLNchain 'x'xLA11 - 472 - 38
118METMETVALVALchain 'Z'ZT1 - 621 - 62
218METMETVALVALchain 'z'zNA1 - 621 - 62
119ILEILELEULEUchain 'g'gKA19 - 4619 - 46
219ILEILELEULEUchain 'y'yQ19 - 4619 - 46

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
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8
9
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11
12
13
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19

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AaVv

#1: タンパク質 Photosystem Q(B) protein 1 / 32 kDa thylakoid membrane protein 1 / Photosystem II protein D1 1


分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-344 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II
#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386

-
Photosystem II ... , 16種, 32分子 BbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuygXxYGZz

#2: タンパク質 Photosystem II core light harvesting protein / 光化学系II


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 protein / 光化学系II


分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / 光化学系II / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / 光化学系II / PSII-H


分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / 光化学系II / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / 光化学系II / PSII-K


分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / 光化学系II / PSII-L / PSII 5 kDa protein


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / 光化学系II / PSII-M


分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / 光化学系II / MSP


分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / 光化学系II / PSII-Tc


分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / 光化学系II / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12 / 光化学系II


分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein / 光化学系II


分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Y / 光化学系II


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 断片: See REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#20: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / 光化学系II / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
糖 , 2種, 28分子

#25: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#31: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 13種, 156分子

#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 / プラストキノン


分子量: 749.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#24: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#28: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#29: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#30: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#32: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#35: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

配列の詳細Molecule 19 (PHOTOSYSTEM II PROTEIN Y): THE DEPOSITORS STATE THAT THE SAMPLE SEQUENCE IS ...Molecule 19 (PHOTOSYSTEM II PROTEIN Y): THE DEPOSITORS STATE THAT THE SAMPLE SEQUENCE IS MDWRVLVVLLPVLLAAGWAVRNILPYAVKQVQKLLQKAKAA (UNP Q8DKM3).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6695

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 4% PEG2000, 5 mM calcium chloride, 100 mM PIPES, pH 7.0, BATCH, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: CS-PAD detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: No monochromator, FEL beam with 20-30 eV bandwidth
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.9→72.93 Å / Num. obs: 41292 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 65.4 % / Biso Wilson estimate: 171.542951793 Å2 / Net I/σ(I): 40.7
反射 シェル解像度: 4.9→5.08 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1635+SVN)精密化
cctbx.xfelデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bz1

3bz1
PDB 未公開エントリ


解像度: 4.90000680874→72.9250039452 Å / SU ML: 0.743228973461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38126417 / 位相誤差: 30.4494599668
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291771032118 3986 4.8966254315 %
Rwork0.280546821323 77417 -
obs0.281090212356 81403 97.7074406155 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 206.869966682 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.90000680874→72.9250039452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41052 0 9192 0 50244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047823397204152088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75358379826971528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02935459929867238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00403228326518510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.65239711418206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.9-4.95970.348571252837960.3630845749152332X-RAY DIFFRACTION82.3050847458
4.9597-5.02250.3244624562011470.3635012069422483X-RAY DIFFRACTION87.9304580408
5.0225-5.08860.371917129161400.3636887962212584X-RAY DIFFRACTION90.5886265381
5.0886-5.15830.3709964013781420.3568448272512605X-RAY DIFFRACTION93.1502204137
5.1583-5.2320.3618870658241370.3477108305882642X-RAY DIFFRACTION94.2672998643
5.232-5.310.4123008600891410.346770330972756X-RAY DIFFRACTION95.6421261142
5.31-5.3930.3383009561991350.3474042577922671X-RAY DIFFRACTION95.9972630859
5.393-5.48140.334245421541400.3421920527972799X-RAY DIFFRACTION97.5116124751
5.4814-5.57580.353031330111450.3399134129052800X-RAY DIFFRACTION98.8586774085
5.5758-5.67720.3604205875311260.3237153611522813X-RAY DIFFRACTION99.8301630435
5.6772-5.78630.3684253411661710.330655431082825X-RAY DIFFRACTION99.8333888704
5.7863-5.90440.3387791490851400.3108141170262829X-RAY DIFFRACTION99.9663299663
5.9044-6.03270.3284299596011430.3065707616192839X-RAY DIFFRACTION100
6.0327-6.1730.3668242909511600.2992324434422794X-RAY DIFFRACTION99.9661590525
6.173-6.32730.3173545116851450.3038054055862842X-RAY DIFFRACTION100
6.3273-6.49830.2827564970481450.2860886602672820X-RAY DIFFRACTION100
6.4983-6.68930.3313988029221490.2845354774062822X-RAY DIFFRACTION100
6.6893-6.90510.2805834544531530.2769194023382840X-RAY DIFFRACTION100
6.9051-7.15170.3230193139781300.2586042256432844X-RAY DIFFRACTION100
7.1517-7.43780.2730229137891570.2596422738312819X-RAY DIFFRACTION100
7.4378-7.77590.304313458971370.2505448493172865X-RAY DIFFRACTION100
7.7759-8.18540.2814463118431510.2559877507292807X-RAY DIFFRACTION100
8.1854-8.69740.2312290446071560.2353250927882782X-RAY DIFFRACTION100
8.6974-9.36770.237302445241420.2265097063342855X-RAY DIFFRACTION100
9.3677-10.30810.2618507489471500.2277610055162833X-RAY DIFFRACTION100
10.3081-11.79420.2367572416451370.2191541753142824X-RAY DIFFRACTION99.9662390277
11.7942-14.83890.2169694953641530.2417960621742833X-RAY DIFFRACTION99.9665215936
14.8389-72.9330.2988778201371180.3273374487292859X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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