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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tmt | ||||||
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タイトル | Translation initiation factor eIF5B (517-858) mutant D533A from C. thermophilum, bound to GTPgammaS | ||||||
要素 | eIF5B | ||||||
キーワード | TRANSLATION / Translation factor / Initiation / GTPase / Monovalent cation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2014 タイトル: A monovalent cation acts as structural and catalytic cofactor in translational GTPases. 著者: Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tmt.cif.gz | 309.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tmt.ent.gz | 246.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tmt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 2 fragments of the biological unit in the asymmetric unit (chains A & B) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38326.008 Da / 分子数: 2 / 断片: G domain and domain II / 変異: D533A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S8G9*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 743分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-DTT / | #7: 化合物 | ChemComp-ACY / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: HEPES, PEG 4000, NaOAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→46.37 Å / Num. obs: 110416 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.58 Å2 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) all: 2.23 / Rejects: 0 / % possible all: 98 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NCN 解像度: 1.58→46.37 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.23 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.98 Å2 / Biso mean: 25.7204 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→46.37 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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