PDB-4tm5: X-ray crystal structure of a D-amino acid aminotransferase from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tm5

タイトル

X-ray crystal structure of a D-amino acid aminotransferase from Burkholderia thailandensis E264 bound to the co-factor pyridoxal phosphate

要素

D-amino acid aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / D-amino acid / aminotransferase / PLP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Fairman, J.W. / Taylor, B.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of a D-amino acid aminotransferase from Burkholderia thailandensis E264 bound to the co-factor pyridoxal phosphate
著者: Fairman, J.W. / Taylor, B.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tm5.cif.gz	139.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tm5.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tm5_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tm5_full_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示
XML形式データ	4tm5_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	4tm5_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m0j
類似構造データ	3lqs-d 3ddq-1 3u0g-2 3u0g-4 2daa-d 1ji1-2 4ni3-2 4h25-2 1h15-1 3bop-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ButhA.10478.a.B1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: D-amino acid aminotransferase

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-amino acid aminotransferase

ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.830, 70.020, 140.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-405- HOH
2	1	A-416- HOH

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	D-amino acid aminotransferase 分子量: 34241.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0381 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T1L0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 400 nl of protein + 400 nl of Morpheus condition C4 - 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 30 mM sodium nitrate, 30 mM disodium hydrogen phosphate, 30 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.12709 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 40085 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.84 % / B_iso Wilson estimate: 14.78 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 25.61 / Num. measured all: 234322

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64		3.86	0.852	0.402	3.24	10519	2913	2720	0.462	93.4
1.64-1.69			0.922	0.365	4.66	15794	2883	2882	0.403	100
1.69-1.74			0.956	0.286	6.26	16949	2817	2817	0.314	100
1.74-1.79			0.972	0.231	7.76	16428	2712	2712	0.253	100
1.79-1.85			0.98	0.182	9.68	15920	2634	2633	0.2	100
1.85-1.92			0.989	0.138	12.68	15421	2537	2537	0.151	100
1.92-1.99			0.994	0.1	17.06	15061	2478	2478	0.11	100
1.99-2.07			0.996	0.081	20.63	14387	2370	2368	0.088	99.9
2.07-2.16			0.998	0.065	25.21	13818	2268	2266	0.071	99.9
2.16-2.27			0.998	0.059	27.67	13356	2196	2195	0.064	100
2.27-2.39			0.998	0.054	30	12633	2076	2076	0.06	100
2.39-2.53			0.998	0.047	34.1	12031	1976	1976	0.052	100
2.53-2.71			0.999	0.04	38.57	11340	1867	1866	0.044	99.9
2.71-2.93			0.999	0.034	43.78	10577	1752	1751	0.037	99.9
2.93-3.2			0.999	0.029	51.48	9494	1583	1580	0.032	99.8
3.2-3.58			0.999	0.025	59.3	8744	1470	1469	0.028	99.9
3.58-4.14			0.999	0.023	65.34	7474	1295	1287	0.025	99.4
4.14-5.07			1	0.02	70.03	6584	1114	1108	0.022	99.5
5.07-7.17			1	0.021	64.85	5096	869	857	0.024	98.6
	7.17		0.999	0.018	69.03	2696	530	507	0.02	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

解像度: 1.603→46.347 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1901	2024	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1539	38020	-	-
obs	0.1557	40044	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.35 Å² / B_iso mean: 19.693 Å² / B_iso min: 6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.603→46.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2253	0	0	349	2602
B_iso mean	-	-	-	30.68	-
残基数	-	-	-	-	296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.288	3221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.446	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.603-1.6426	0.2633	119	0.2108	2501	2620	93
1.6426-1.687	0.2197	159	0.1858	2695	2854	100
1.687-1.7367	0.2026	151	0.162	2713	2864	100
1.7367-1.7927	0.2041	160	0.1579	2688	2848	100
1.7927-1.8568	0.2045	156	0.1575	2680	2836	100
1.8568-1.9311	0.1986	143	0.1538	2709	2852	100
1.9311-2.019	0.1983	151	0.1542	2711	2862	100
2.019-2.1255	0.1992	123	0.1484	2743	2866	100
2.1255-2.2586	0.1957	138	0.1456	2705	2843	100
2.2586-2.433	0.1867	134	0.1556	2759	2893	100
2.433-2.6778	0.1642	130	0.1601	2757	2887	100
2.6778-3.0652	0.1804	151	0.1605	2742	2893	100
3.0652-3.8616	0.1797	157	0.1457	2768	2925	100
3.8616-46.3662	0.1881	152	0.1438	2849	3001	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9869	0.2216	-0.3527	2.4997	0.1778	4.4153	0.0185	-0.0445	0.0054	-0.1137	0.0435	0.3694	0.1816	-0.5678	-0.1212	0.1062	-0.0291	-0.0134	0.197	-0.0187	0.2151	-17.5019	26.5569	64.0706
2	0.8687	0.0731	0.0186	1.1848	1.1465	2.7382	-0.0321	0.0984	-0.0438	-0.059	0.0132	0.071	0.0901	-0.1628	0.0223	0.0887	-0.0306	0.0015	0.0804	0.0098	0.0929	-5.8901	25.6011	61.0784
3	0.8807	0.8387	0.2856	1.9994	1.8498	2.8393	0.0598	-0.0716	-0.1367	0.1711	0.0387	-0.0383	0.3275	0.0492	-0.092	0.1477	0.0131	0.0019	0.0725	0.0121	0.1362	1.0266	17.0512	66.7098
4	1.3081	0.0814	0.6145	0.477	-0.2291	2.2958	-0.0475	0.0702	-0.0396	-0.0282	-0.0288	0.0935	0.0232	-0.1646	0.0615	0.0934	-0.0199	0.0117	0.0814	-0.019	0.1266	-8.1723	22.9968	61.9543
5	1.4046	0.4723	-0.4368	0.515	0.2196	1.2017	-0.0619	0.1412	0.0048	-0.0741	0.0404	0.0163	-0.0492	-0.0464	0.0055	0.1295	-0.0031	-0.0147	0.0786	0.0068	0.1024	0.9155	30.1373	53.9263
6	1.0959	0.4409	-0.33	0.9369	-0.0183	1.2726	-0.0041	0.0687	0.0017	0.0374	0.0178	-0.0641	-0.1109	0.1471	-0.0174	0.101	-0.0206	-0.0045	0.092	-0.0119	0.0947	11.5285	34.8014	59.9236
7	2.7453	0.1458	-0.6599	2.2	-0.341	1.906	0.1173	-0.3586	-0.1857	0.07	0.0133	-0.427	0.2823	0.712	0.0433	0.1304	0.0008	0.0085	0.2153	-0.0345	0.1949	19.0265	23.7918	54.0649
8	1.1187	0.2055	-0.4508	0.9221	-0.0565	1.7472	-0.1326	0.022	-0.379	-0.0892	0.1066	-0.408	0.2539	0.334	0.0063	0.1408	0.0035	0.0369	0.1802	-0.056	0.2318	17.5836	23.006	49.1474
9	1.4918	0.9468	-0.6877	1.0388	0.0057	1.0871	-0.2138	0.482	-0.0356	-0.4165	0.3357	-0.2007	-0.2636	0.1428	-0.0412	0.195	-0.0961	0.0386	0.2145	-0.012	0.1262	15.725	34.4678	42.1912
10	1.1348	-1.3417	-0.0259	1.7708	0.7965	3.2885	-0.1674	0.3575	-0.4759	-0.2016	0.1308	0.097	0.4301	-0.3024	0.0833	0.258	-0.0587	0.0445	0.222	-0.1161	0.203	6.7791	16.8082	41.9073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 25 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 58 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 80 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 122 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 155 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 201 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 202 through 223 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 224 through 263 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 264 through 282 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 283 through 301 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)