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万見
- PDB-4tlw: CARDS TOXIN, FULL-LENGTH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlw
タイトルCARDS TOXIN, FULL-LENGTH
要素ADP-ribosylating toxin CARDS
キーワードTOXIN (毒素) / TRANSFERASE (転移酵素) / MYCOPLASMA PNEUMONIAE / VIRULENCE / ATYPICAL PNEUMONIA / COMMUNITY ACQUIRED RESPIRATORY DISTRESS SYNDROME / ADP-RIBOSYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host vacuole organization / attachment organelle / host cell cytosol / host cell endoplasmic reticulum / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / cell projection / toxin activity / lipid binding ...symbiont-mediated perturbation of host vacuole organization / attachment organelle / host cell cytosol / host cell endoplasmic reticulum / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / cell projection / toxin activity / lipid binding / 細胞膜 / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylating toxin CARDS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Becker, A. / GALALELDEEN, A. / Taylor, A.B. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of CARDS toxin, a unique ADP-ribosylating and vacuolating cytotoxin from Mycoplasma pneumoniae.
著者: Becker, A. / Kannan, T.R. / Taylor, A.B. / Pakhomova, O.N. / Zhang, Y. / Somarajan, S.R. / Galaleldeen, A. / Holloway, S.P. / Baseman, J.B. / Hart, P.J.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylating toxin CARDS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6281
ポリマ－70,6281
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.431, 178.431, 89.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylating toxin CARDS / ADP-ribosyltransferase CARDS / CARDX TX


分子量: 70627.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 遺伝子: MPN_372, MP464 / プラスミド: PKA8H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75409, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 1000, 0.1 M TRIS-HCL / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 34160 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→44.61 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1726 5.06 %
Rwork0.198 --
obs0.2 34124 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.47 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.2376 Å20 Å20 Å2
2---19.2376 Å20 Å2
3---41.0712 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4632 0 0 25 4657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1026474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.061720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5531-2.62820.40171370.34482494X-RAY DIFFRACTION92
2.6282-2.7130.38711360.31122673X-RAY DIFFRACTION98
2.713-2.810.33971220.27742751X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.92250.3021570.25282715X-RAY DIFFRACTION100
2.9225-3.05550.30151390.2342735X-RAY DIFFRACTION100
3.0555-3.21650.3281370.23652739X-RAY DIFFRACTION100
3.2165-3.4180.2681640.23712708X-RAY DIFFRACTION100
3.418-3.68180.27641470.20652714X-RAY DIFFRACTION100
3.6818-4.0520.21941550.18052719X-RAY DIFFRACTION100
4.052-4.63790.19021570.15212736X-RAY DIFFRACTION100
4.6379-5.84110.20181420.17182721X-RAY DIFFRACTION100
5.8411-44.61450.22791330.18382693X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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