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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tln | |||||||||
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タイトル | BINDING OF HYDROXAMIC ACID INHIBITORS TO CRYSTALLINE THERMOLYSIN SUGGESTS A PENTACOORDINATE ZINC INTERMEDIATE IN CATALYSIS | |||||||||
![]() | THERMOLYSIN | |||||||||
![]() | HYDROLASE (METALLOPROTEINASE) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Matthews, B.W. / Holmes, M.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of hydroxamic acid inhibitors to crystalline thermolysin suggests a pentacoordinate zinc intermediate in catalysis. 著者: Holmes, M.A. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structure of Thermolysin Refined at 1.6 Angstroms Resolution 著者: Holmes, M.A. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Structure of a Mercaptan-Thermolysin Complex Illustrates Mode of Inhibition of Zinc Proteases by Substrate-Analogue Mercaptans 著者: Monzingo, A.F. / Matthews, B.W. #3: ![]() タイトル: Binding of the Biproduct Analog L-Benzylsuccinic Acid to Thermolysin Determined by X-Ray Crystallography 著者: Bolognesi, M.C. / Matthews, B.W. #4: ![]() タイトル: Comparison of the Structures of Carboxypeptidase a and Thermolysin 著者: Kester, W.R. / Matthews, B.W. #5: ![]() タイトル: A Crystallographic Study of the Complex of Phosphoramidon with Thermolysin. A Model for the Presumed Catalytic Transition State and for the Binding of Extended Substrates 著者: Weaver, L.H. / Kester, W.R. / Matthews, B.W. #6: ![]() タイトル: Crystallographic Study of the Binding of Dipeptide Inhibitors to Thermolysin. Implications for the Mechanism of Catalysis 著者: Kester, W.R. / Matthews, B.W. #7: ![]() タイトル: Role of Calcium in the Thermal Stability of Thermolysin 著者: Dahlquist, F.W. / Long, J.W. / Bigbee, W.L. #8: ![]() タイトル: Evidence of Homologous Relationship between Thermolysin and Neutral Protease a of Bacillus Subtilis 著者: Levy, P.L. / Pangburn, M.K. / Burstein, Y. / Ericsson, L.H. / Neurath, H. / Walsh, K.A. #9: ![]() タイトル: The Conformation of Thermolysin 著者: Matthews, B.W. / Weaver, L.H. / Kester, W.R. #10: ![]() タイトル: Binding of Lanthanide Ions to Thermolysin 著者: Matthews, B.W. / Weaver, L.H. #11: ![]() タイトル: The Structure of Thermolysin,an Electron Density Map at 2.3 Angstroms Resolution 著者: Colman, P.M. / Jansonius, J.N. / Matthews, B.W. #12: ![]() タイトル: Amino-Acid Sequence of Thermolysin 著者: Titani, K. / Hermodson, M.A. / Ericsson, L.H. / Walsh, K.A. / Neurath, H. #13: ![]() タイトル: Three Dimensional Structure of Thermolysin 著者: Matthews, B.W. / Jansonius, J.N. / Colman, P.M. / Schoenborn, B.P. / Duporque, D. #14: ![]() タイトル: Structure of Thermolysin 著者: Matthews, B.W. / Colman, P.M. / Jansonius, J.N. / Titani, K. / Walsh, K.A. / Neurath, H. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE *ACTIVE-SITE* SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE HAS ONE EDGE-STRAND COMPRISED OF TWO ...SHEET THE *ACTIVE-SITE* SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE HAS ONE EDGE-STRAND COMPRISED OF TWO DISTINCT SEQUENCES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN. TO REPRESENT THIS FEATURE AN EXTRA SHEET IS DEFINED. STRANDS 2,3,4,5 OF S1 ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4,5 OF S2. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 51 IS A CIS-PROLINE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00800, thermolysin | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-LNO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % / 解説: data collected with precession photography | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 日付: 1980 / 詳細: ADJUSTABLE COLLIMATOR SLIT |
放射 | モノクロメーター: NICKEL FILTER / プロトコル: SINGLE CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→26.6 Å / Num. obs: 12029 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.063 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 12029 / Rmerge(I) obs: 0.026 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR SUBSTATUTION / 解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO VERSION 1.0 詳細: ATOM 2448 IN HET GROUP *LNO* IS AN OXYGEN ATOM AND IS IDENTIFIED IN THIS ENTRY AS * ON2*. IN THE PAPER CITED IN THE JRNL RECORDS ABOVE IT IS IDENTIFIED AS * N2O*.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 11854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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