PDB-4tle: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tle

タイトル

Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

要素

Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.936 Å

データ登録者

Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.

履歴

登録	2014年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tle.cif.gz	572.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tle.ent.gz	470.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tl6C 4tl7C 4tl8C 4tl9C 4tlaC 4tlbC 4tlcC 4tldC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tl8-d 4tl9-d 4tlb-d 4tld-d 4tl6-1 4tla-d 4tlc-d 5yz8-d 4tl7-d 3qwd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein kinase KaiC

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein kinase KaiC

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Circadian clock protein kinase KaiC

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.927, 133.322, 151.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 28395.271 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain, residues 1-253 / 変異: S157C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.936→50 Å / Num. obs: 119433 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 29

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.936→42.603 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	6002	5.03 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1905	119305	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.936→42.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10384	0	198	567	11149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11097
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	15044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.352	4198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1911

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.936-1.958	0.2782	154	0.2419	3122	X-RAY DIFFRACTION	82
1.958-1.981	0.2628	235	0.2277	3690	X-RAY DIFFRACTION	99
1.981-2.0052	0.2843	194	0.2286	3763	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0052-2.0306	0.2826	194	0.2243	3744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0306-2.0573	0.2761	186	0.2269	3787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0573-2.0855	0.262	221	0.2114	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0855-2.1153	0.2473	219	0.2027	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1153-2.1468	0.2584	210	0.1978	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1468-2.1804	0.2531	194	0.1956	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.2161	0.2207	189	0.1948	3851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2161-2.2543	0.2389	225	0.1979	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2543-2.2953	0.2576	185	0.1902	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2953-2.3395	0.2424	181	0.192	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3395-2.3872	0.2666	186	0.192	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3872-2.4391	0.2173	212	0.1895	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4391-2.4958	0.261	208	0.2008	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4958-2.5583	0.2442	191	0.1967	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5583-2.6274	0.2148	185	0.1915	3796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6274-2.7047	0.2552	219	0.1945	3791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7047-2.792	0.2326	166	0.1986	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.792-2.8918	0.2648	217	0.201	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8918-3.0075	0.2478	207	0.2041	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0075-3.1444	0.2541	200	0.1912	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1444-3.3101	0.243	201	0.2064	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3101-3.5174	0.241	200	0.1857	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5174-3.7888	0.1982	221	0.1778	3834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7888-4.1698	0.1886	191	0.1652	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1698-4.7725	0.1754	198	0.1416	3880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7725-6.0101	0.2168	214	0.1712	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0101-42.6134	0.2184	199	0.2127	3825	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.3269 Å / Origin y: 15.686 Å / Origin z: 16.9092 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1805 Å²	0.0157 Å²	-0.0325 Å²	-	0.2038 Å²	0.0228 Å²	-	-	0.186 Å²
L	0.4353 °²	0.0865 °²	-0.2956 °²	-	0.3882 °²	-0.066 °²	-	-	0.3798 °²
S	-0.0426 Å °	-0.0943 Å °	-0.0669 Å °	0.0414 Å °	0.056 Å °	-0.0503 Å °	0.103 Å °	0.0323 Å °	-0.0167 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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