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- PDB-4tla: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tla
タイトルCrystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC
要素Circadian clock protein kinase KaiC
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Circadian rhythms. Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock.
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.
履歴
登録2014年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
C: Circadian clock protein kinase KaiC
D: Circadian clock protein kinase KaiC
E: Circadian clock protein kinase KaiC
F: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,43924
ポリマ－170,3596
非ポリマー3,08018
水14,250791
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22530 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area48930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.785, 133.593, 153.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Circadian clock protein kinase KaiC / a4d_1


分子量: 28393.232 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1-253 / 変異: S48T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 809分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400 or PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 151590 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 26.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→38.884 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 7606 5.02 %
Rwork0.1773 --
obs0.1793 151469 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 0 182 791 11689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36615362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1734288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8004-1.82090.33152140.28424096X-RAY DIFFRACTION85
1.8209-1.84230.30432590.26884759X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.86480.2932590.26764778X-RAY DIFFRACTION100
1.8648-1.88840.30892520.2454768X-RAY DIFFRACTION100
1.8884-1.91320.2472210.24874794X-RAY DIFFRACTION100
1.9132-1.93940.28022460.23854816X-RAY DIFFRACTION100
1.9394-1.96710.26632730.21614756X-RAY DIFFRACTION100
1.9671-1.99650.23392900.20414767X-RAY DIFFRACTION100
1.9965-2.02770.2352620.19824741X-RAY DIFFRACTION100
2.0277-2.06090.23762520.20244788X-RAY DIFFRACTION100
2.0609-2.09650.25182200.18984845X-RAY DIFFRACTION100
2.0965-2.13460.24412680.18684758X-RAY DIFFRACTION100
2.1346-2.17560.22992430.18684802X-RAY DIFFRACTION100
2.1756-2.220.21672470.18444821X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.26830.23472670.18424785X-RAY DIFFRACTION100
2.2683-2.32110.22112310.18644804X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.37910.22612770.17784796X-RAY DIFFRACTION100
2.3791-2.44340.21132640.17834795X-RAY DIFFRACTION100
2.4434-2.51530.23492460.18334847X-RAY DIFFRACTION100
2.5153-2.59650.20542480.17764794X-RAY DIFFRACTION100
2.5965-2.68930.22012500.17374831X-RAY DIFFRACTION100
2.6893-2.79690.21952460.18024841X-RAY DIFFRACTION100
2.7969-2.92410.25592740.18934821X-RAY DIFFRACTION100
2.9241-3.07830.22132600.18574852X-RAY DIFFRACTION100
3.0783-3.2710.21572630.18124845X-RAY DIFFRACTION100
3.271-3.52340.20952670.17194853X-RAY DIFFRACTION100
3.5234-3.87770.2052360.16034898X-RAY DIFFRACTION100
3.8777-4.43810.19482730.1414911X-RAY DIFFRACTION100
4.4381-5.58890.16662550.14124912X-RAY DIFFRACTION99
5.5889-38.89350.21452430.19024989X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.807 Å / Origin y: 15.8584 Å / Origin z: -17.5465 Å
111213212223313233
T0.2315 Å2-0.0021 Å2-0.0084 Å2-0.2538 Å2-0.0166 Å2--0.2401 Å2
L0.2993 °2-0.075 °2-0.168 °2-0.2099 °20.005 °2--0.2724 °2
S-0.0224 Å °0.0797 Å °-0.068 Å °-0.0586 Å °0.0143 Å °0.0359 Å °0.0884 Å °-0.0418 Å °0.009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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