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- PDB-4tkq: Native-SAD phasing for YetJ from Bacillus Subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tkq
タイトルNative-SAD phasing for YetJ from Bacillus Subtilis
要素Uncharacterized protein YetJ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / native-SAD phasing / multiple crystals / low energy / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性Bax inhibitor 1-related / Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1 / regulation of proteolysis / calcium channel activity / calcium ion transport / membrane / plasma membrane / Uncharacterized protein YetJ
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8025 Å
データ登録者Liu, Q. / Chang, Y. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095315 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Multi-crystal native SAD analysis at 6 keV.
著者: Liu, Q. / Guo, Y. / Chang, Y. / Cai, Z. / Assur, Z. / Mancia, F. / Greene, M.I. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2014年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YetJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2635
ポリマ－24,1171
非ポリマー1464
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.869, 61.869, 288.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YetJ


分子量: 24116.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yetJ, BSU07200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31539
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 600, 100 mM CaCl2, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 2.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 8784 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 535.8 % / Net I/σ(I): 56.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8025→39.257 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 757 5.04 %
Rwork0.2205 --
obs0.2225 15009 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8025→39.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 4 0 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6042274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.186571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8025-3.01880.31491600.27162713X-RAY DIFFRACTION95
3.0188-3.32250.32751510.2592868X-RAY DIFFRACTION100
3.3225-3.80290.28461540.23032888X-RAY DIFFRACTION100
3.8029-4.78990.23041670.20082874X-RAY DIFFRACTION100
4.7899-39.26040.2221250.20172909X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.65781.2228-1.05451.02290.88842.7833-0.01490.13150.2758-0.78680.0827-0.4345-0.22710.078900.3403-0.0235-0.00640.59380.01870.359317.247234.2727-5.2686
20.2615-0.1241-0.22440.1527-0.01180.302-0.2132-0.0475-0.3442-0.14150.07840.10090.28590.2632-00.5289-0.03090.0430.60790.06370.557118.397217.988311.13
30.6055-0.328-0.41580.48450.3070.30650.9018-0.80341.61990.66180.1243-0.9986-1.07420.36270.01740.689-0.04440.08070.7854-0.01380.708319.137138.868111.3972
41.1967-0.73970.19790.4509-0.09860.2495-0.16790.3078-0.1834-0.02410.27750.1320.25430.0463-00.42650.0213-0.03320.720.03160.481613.36520.88351.3555
50.09480.074-0.01420.12570.08110.2159-0.1898-0.52940.7314-0.47580.71530.4346-0.5954-0.05580.00850.49630.08780.03330.76820.14310.66420.9441.2959-1.1573
61.53520.05550.42330.2128-0.58891.8375-0.2254-0.1117-0.19490.42320.30320.2877-0.1581-0.1994-00.43340.02490.00650.5784-0.00560.45086.082728.865118.1152
71.4990.3268-0.50860.7810.98051.78870.06030.32950.16350.17730.1262-0.1784-0.183-0.2089-00.33650.0391-0.06270.61210.05810.52476.693836.8556.6006
81.2952-0.6705-0.05870.3592-0.04431.6466-0.38390.30990.1368-0.14650.58330.18470.135-0.106-00.3620.03980.01030.60140.02820.51178.81525.78794.7913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:56)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 57:66)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 67:107)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 108:121)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 122:151)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 152:184)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 185:212)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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