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- PDB-4tko: Structure of the periplasmic adaptor protein EmrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tko
タイトルStructure of the periplasmic adaptor protein EmrA
要素EmrA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MFS / Multidrug resistance / periplasmic adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Efflux pump membrane protein / Membrane fusion protein, biotin-lipoyl like domain / Biotin-lipoyl like / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Biotin_lipoyl_2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Greene, N.P. / Paterson, N.G. / Crow, A. / Hughes, C. / Koronakis, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust093011/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Structure of the periplasmic adaptor protein from a major facilitator superfamily (MFS) multidrug efflux pump.
著者: Hinchliffe, P. / Greene, N.P. / Paterson, N.G. / Crow, A. / Hughes, C. / Koronakis, V.
履歴
登録2014年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EmrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4674
ポリマ－41,3221
非ポリマー1443
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.366, 81.366, 541.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 EmrA


分子量: 41322.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67159
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.32 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES pH 6.5, 100mM MgCl2, 10% isopropanol, 8% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.03836 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→29.67 Å / Num. obs: 22191 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→29.67 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1080 4.88 %
Rwork0.2079 --
obs0.2098 22150 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2654 0 9 6 2669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9873596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.381080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-2.97970.29071190.22672576X-RAY DIFFRACTION100
2.9797-3.13660.27921330.24072599X-RAY DIFFRACTION100
3.1366-3.33290.31431510.2322522X-RAY DIFFRACTION100
3.3329-3.58990.28841190.2312627X-RAY DIFFRACTION100
3.5899-3.95040.24111410.2052607X-RAY DIFFRACTION100
3.9504-4.52030.21441570.18822607X-RAY DIFFRACTION100
4.5203-5.68850.22031200.19552675X-RAY DIFFRACTION100
5.6885-29.67190.24231400.20272857X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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