PDB-4s3b: IspG in complex with Intermediate II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s3b

タイトル

IspG in complex with Intermediate II

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Methylerythritol-Phosphate Pathway / Terpene Biosynthesis / Iron-Sulfur Enzymes / Reaction Mechanisms / Drug Development

機能・相同性

機能・相同性情報

(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase activity (flavodoxin) / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Quitterer, F. / Frank, A. / Wang, K. / Rao, G. / O'Dowd, B. / Li, J. / Guerra, F. / Abdel-Azeim, S. / Bacher, A. / Eppinger, J. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Atomic-Resolution Structures of Discrete Stages on the Reaction Coordinate of the [Fe4S4] Enzyme IspG (GcpE).
著者: Quitterer, F. / Frank, A. / Wang, K. / Rao, G. / O'Dowd, B. / Li, J. / Guerra, F. / Abdel-Azeim, S. / Bacher, A. / Eppinger, J. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2015年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s3b.cif.gz	176 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s3b.ent.gz	138.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s3b_validation.pdf.gz	898.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s3b_full_validation.pdf.gz	901.5 KB	表示
XML形式データ	4s3b_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4s3b_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s38SC 4s39C 4s3aC 4s3cC 4s3dC 4s3eC 4s3fC 2y0f 3noy 4g9p S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s3f-1 4s3d-1 4s3e-1 4s39-1 4s3a-1 4s38-1 4s3c-1 4g9p-1 4s23-d 3nnl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.090, 62.100, 86.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 127.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase 分子量: 44278.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: HB8/DSM 579 / 遺伝子: ispG, TTHA0305 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLI8, EC: 1.17.7.1
#2: 化合物	ChemComp-43Q / (3S)-1,3-dihydroxy-4-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}-2-methylbut-2-ylium, carbokation intermediate 分子量: 279.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, 20% PEG3350, 0.2 M Na2SO4 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 43658 / Num. obs: 43047 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S38

4s38

解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 5.228 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20011	2153	5 %	RANDOM
R_work	0.15051	-	-	-
obs	0.15296	40893	99 %	-
all	-	43046	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.831 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	-0 Å²	-0.45 Å²
2-	-	2.82 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3076	0	24	167	3267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.295	2.016	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.301	3.001	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.314	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.483	22.692	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.781	15	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.771	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.851	2.516	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.84	2.514	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.372	3.774	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.371	3.774	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.96	3.183	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.958	3.182	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.488	4.53	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.382	21.17	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.326	20.996	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.104	3	6349
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.303	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.041	5	6376

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	154	-
R_work	0.253	2928	-
obs	-	-	98.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.5855 Å / Origin y: 23.1725 Å / Origin z: 2.681 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0355 Å²	0.0025 Å²	-0.0019 Å²	-	0.0088 Å²	0.0035 Å²	-	-	0.0282 Å²
L	0.2141 °²	-0.0167 °²	0.0197 °²	-	0.017 °²	-0.0239 °²	-	-	0.3475 °²
S	-0.0045 Å °	-0.0303 Å °	0.0014 Å °	-0.0082 Å °	0.004 Å °	0.0013 Å °	-0.0095 Å °	-0.0395 Å °	0.0006 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 404
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	901 - 902
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1167

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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