PDB-4s1x: Crystal structure of HA2-Del-L2seM, Central Coiled-Coil from Infl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s1x

タイトル

Crystal structure of HA2-Del-L2seM, Central Coiled-Coil from Influenza Hemagglutinin HA2 without Heptad Repeat Stutter

要素

Truncated hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / Marburg Virus / GP2 Ectodomain / Post-Fusion Conformation

機能・相同性

Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / Truncated hemagglutinin / Truncated hemagglutinin

機能・相同性情報

生物種

unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Lai, J.R. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2015
タイトル: A switch from parallel to antiparallel strand orientation in a coiled-coil X-ray structure via two core hydrophobic mutations.
著者: Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Almo, S.C. / Lai, J.R.

履歴

登録	2015年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s1x.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s1x.ent.gz	75.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s1x_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s1x_full_validation.pdf.gz	492.9 KB	表示
XML形式データ	4s1x_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	4s1x_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oxm 4p67
類似構造データ	6yel-d 3ejh-1 2m57-d 3f4z-d 1lpe-d 4j2c-1 5vcf-d 6dkm-2 3g1e-d 4p67-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (2)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Truncated hemagglutinin

B: Truncated hemagglutinin

C: Truncated hemagglutinin

D: Truncated hemagglutinin

E: Truncated hemagglutinin

F: Truncated hemagglutinin

ヘテロ分子

28.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Truncated hemagglutinin

B: Truncated hemagglutinin

C: Truncated hemagglutinin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Truncated hemagglutinin

E: Truncated hemagglutinin

F: Truncated hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.450, 98.523, 34.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

trimer or tetramer

#1: タンパク質・ペプチド	Truncated hemagglutinin 分子量: 4713.993 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis 由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: A8TXJ0, UniProt: A8TXX2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 4000, 5% 2-propanol, 0.1 M HEPES:NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.374
1	1	-h,-k,l	2	0.141
1	1	L, -K, H	3	0.098
1	1	-L, K, H	4	0.388

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18167 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	5.2	0.741	937	1.166	1	99.9
1.93-1.97	5.3	0.561	863	1.101	1	100
1.97-2.01	5.2	0.477	899	1.172	1	100
2.01-2.05	5.3	0.343	943	1.155	1	100
2.05-2.09	5.3	0.294	883	1.141	1	100
2.09-2.14	5.3	0.243	942	1.065	1	100
2.14-2.19	5.3	0.213	885	1.016	1	100
2.19-2.25	5.3	0.19	885	1.091	1	100
2.25-2.32	5.2	0.15	951	1.019	1	100
2.32-2.39	5.2	0.142	871	0.939	1	100
2.39-2.48	5.2	0.124	935	0.931	1	100
2.48-2.58	5.2	0.115	890	0.984	1	99.9
2.58-2.7	5.1	0.105	920	1	1	100
2.7-2.84	5	0.096	926	1.023	1	100
2.84-3.02	4.8	0.084	876	0.932	1	99.8
3.02-3.25	4.6	0.075	934	1.046	1	99.8
3.25-3.58	4.4	0.063	903	0.988	1	99.8
3.58-4.09	4.5	0.057	913	1.142	1	99.8
4.09-5.16	4.4	0.053	914	0.969	1	98.9
5.16-50	4	0.053	897	0.982	1	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 5.937 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2455	871	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2078	-	-	-
obs	0.2095	18235	98.69 %	-
all	-	18235	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.46 Å² / B_iso mean: 41.059 Å² / B_iso min: 25.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	27.5 Å²	0 Å²	25.47 Å²
2-	-	-46.54 Å²	-0 Å²
3-	-	-	19.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1648	0	6	54	1708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.147	1.959	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.773	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.447	25.534	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.983	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.416	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.957	5.454	768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.886	73.466	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.316	6.351	915

LS精密化シェル

解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	66	-
R_work	0.214	1156	-
all	-	1222	-
obs	-	-	92.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6674	-1.4054	0.5407	3.2122	-0.9485	0.6829	-0.0563	0.0328	0.0547	0.1236	-0.0277	-0.1454	-0.068	0.0425	0.084	0.0094	-0.0031	-0.0101	0.0237	0.0147	0.0775	2.4696	11.6098	-12.2795
2	0.0588	-0.1896	0.1246	4.859	-1.559	0.6551	0.0154	0.0376	-0.0069	0.0327	-0.051	-0.0006	-0.0002	0.0771	0.0356	0.009	0.0069	-0.0017	0.0296	0.0012	0.0369	-4.7127	12.5235	-18.9204
3	0.8114	1.6901	0.1214	3.6322	0.2509	0.0229	0.0137	0.03	-0.0779	0.0785	-0.023	-0.2276	-0.0066	0.0093	0.0093	0.042	-0.0505	-0.0584	0.0741	0.0601	0.1057	5.813	26.9384	-17.8399
4	0.3397	-0.6664	-0.1841	3.3447	0.8915	0.2609	0.0699	0.0557	0.0703	0.013	-0.0747	-0.0907	0.0156	-0.0388	0.0048	0.033	0.002	0.0341	0.0243	-0.0064	0.0528	-12.4364	36.4155	-2.4359
5	0.5953	-1.6679	-0.0674	5.4012	0.3249	0.0624	0.0351	0.0448	0.0087	0.0344	-0.072	0.0192	0.0296	-0.0199	0.037	0.0276	0.005	0.0189	0.0347	-0.0105	0.0411	-18.9455	37.1067	4.7547
6	0.7452	0.2666	-0.0461	1.8557	-0.4375	0.1336	-0.0523	0.1152	0.0119	-0.0938	0.1173	-0.0094	0.0296	-0.0444	-0.065	0.0641	0.0183	0.0021	0.0495	0.0385	0.0996	-17.9083	51.5442	-5.8756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	43 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	45 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	42 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	43 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	45 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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