PDB-4s15: Crystal structure of the orphan nuclear receptor RORalpha ligand-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s15

タイトル

Crystal structure of the orphan nuclear receptor RORalpha ligand-binding domain in complex with 4alpha-caboxyl, 4beta-methyl-zymosterol (4ACD8)

要素

Nuclear receptor ROR-alpha
Nuclear receptor-interacting protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

ovarian follicle rupture / cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / intracellular receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity ...ovarian follicle rupture / cGMP metabolic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / cerebellar granule cell precursor proliferation / intracellular receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / regulation of steroid metabolic process / muscle cell differentiation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / triglyceride homeostasis / regulation of macrophage activation / negative regulation of fat cell differentiation / histone deacetylase complex / cellular response to interleukin-1 / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nitric oxide biosynthetic process / RORA activates gene expression / xenobiotic metabolic process / transcription corepressor binding / SUMOylation of transcription cofactors / cholesterol homeostasis / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / PPARA activates gene expression / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / fibrillar center / negative regulation of inflammatory response / histone deacetylase binding / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / nuclear receptor activity / transcription corepressor activity / Circadian Clock / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to hypoxia / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.897 Å

データ登録者

Huang, P. / Santori, F.R. / Littman, D.R. / Rastinejad, F.

引用

ジャーナル: Cell Metab / 年: 2015
タイトル: Identification of Natural ROR gamma Ligands that Regulate the Development of Lymphoid Cells.
著者: Santori, F.R. / Huang, P. / van de Pavert, S.A. / Douglass, E.F. / Leaver, D.J. / Haubrich, B.A. / Keber, R. / Lorbek, G. / Konijn, T. / Rosales, B.N. / Rozman, D. / Horvat, S. / Rahier, A. / ...

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4s15.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4s15_full_validation.pdf.gz	921.8 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s15	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6lob-d 1nq7-d 3t0i-1 6p9f-2 7jtw-d 4dm6-2 4j24-3 3kyt-d 1pzx-1 5x8q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-alpha

C: Nuclear receptor-interacting protein 1

B: Nuclear receptor ROR-alpha

D: Nuclear receptor-interacting protein 1

ヘテロ分子

63.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nuclear receptor ROR-alpha

C: Nuclear receptor-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Nuclear receptor ROR-alpha

D: Nuclear receptor-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.194, 80.305, 113.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-alpha / Nuclear receptor RZR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 / RAR-related orphan receptor A / Retinoid-related orphan receptor-alpha 分子量: 29845.504 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1F1, RORA, RZRA / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P35398
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear factor RIP140 / Receptor-interacting protein 140 分子量: 1380.632 Da / 分子数: 2 / 断片: LxxLL binding motif / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48552
#3: 化合物	ChemComp-4D8 / (3beta,4alpha,5beta,14beta)-3-hydroxy-4-methylcholesta-8,24-diene-4-carboxylic acid / 4alpha-carboxy-4beta-methyl-zymosterol / 4-メチルジモステロ-ル-4-カルボン酸分子量: 442.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₆O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM MgCl2, 9%-21% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.897→50 Å / Num. all: 52067 / Num. obs: 51703 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 20.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.897→46.237 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2133	2641	5.12 %	RANDOM
R_work	0.1739	-	-	-
all	0.176	52049	-	-
obs	0.176	51607	99.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.897→46.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4195	0	76	310	4581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	5982
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.891	1697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	750

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8972-1.9317	0.2908	136	0.2535	2427	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9317-1.9689	0.2481	155	0.2213	2519	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9689-2.0091	0.2365	139	0.2054	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0091-2.0527	0.2786	141	0.2005	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0527-2.1005	0.2372	131	0.1914	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1005-2.153	0.2029	158	0.1747	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.153-2.2112	0.2152	141	0.169	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2112-2.2763	0.1839	119	0.163	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2763-2.3498	0.2089	114	0.1686	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3498-2.4337	0.2218	143	0.1708	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4337-2.5312	0.2322	136	0.1747	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5312-2.6464	0.23	149	0.1804	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6464-2.7859	0.2485	132	0.1889	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7859-2.9604	0.2137	150	0.1864	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9604-3.1889	0.2717	128	0.1885	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1889-3.5097	0.1983	147	0.1706	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5097-4.0173	0.1782	139	0.1522	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0173-5.0604	0.1678	134	0.1437	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0604-46.2512	0.2195	149	0.1801	2675	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0896	-0.137	-2.4322	2.6918	-0.3409	5.2003	0.1713	0.4255	0.1359	-0.5115	0.002	-0.1762	0.0067	-0.0934	0.0146	0.272	0.0387	0.0753	0.2318	0.0012	0.2056	18.2594	25.6592	-4.9829
2	5.9299	0.526	-0.9689	1.8725	0.2251	1.5952	-0.0619	0.2575	-0.4982	-0.2011	-0.1612	-0.1568	0.0116	0.0943	0.1605	0.1879	-0.0007	-0.0463	0.2347	-0.0203	0.2575	-4.9302	21.0467	3.4791
3	2.6428	-0.6833	-1.4169	0.8799	0.8761	1.6952	-0.0986	-0.0728	-0.1695	0.0588	-0.0232	0.1668	0.0835	-0.0472	0.0571	0.1535	0.0068	0.0006	0.1101	0.0216	0.1417	-2.0206	29.2094	17.2084
4	3.0757	0.6332	-0.3333	1.6617	0.181	1.0968	0.0356	0.0567	0.0678	-0.1644	-0.0185	-0.0563	-0.1418	0.0772	-0.007	0.1954	-0.0035	0.0161	0.1584	0.0053	0.1263	6.6311	31.786	7.2711
5	2.8765	-1.1733	-1.805	2.0253	0.955	4.4458	0.2062	0.4411	0.087	-0.1456	-0.1701	0.1215	-0.3212	-0.1555	-0.051	0.1895	0.0356	-0.017	0.2009	0.0065	0.1989	-7.0792	38.0483	7.6676
6	4.2971	0.4753	0.3155	3.9033	0.8186	3.8652	0.2776	-0.0433	0.4034	0.0021	-0.3895	-0.1317	-0.4428	0.0515	-0.0216	0.2821	-0.0076	0.0546	0.2045	0.0588	0.1925	13.9879	36.7468	1.8097
7	5.9531	1.1466	2.5078	3.2995	1.0632	5.8982	0.0062	0.4376	-0.0307	-0.634	0.0023	-0.1613	-0.4473	-0.0085	-0.0611	0.3742	0.0566	0.0961	0.2622	0.0641	0.2133	16.3318	36.2552	-8.0432
8	1.0287	-0.4311	-0.8689	1.3072	0.1758	2.6009	0.1692	0.0757	0.1533	-0.1717	0.0377	-0.163	-0.2317	0.1093	-0.11	0.2213	-0.0042	0.0216	0.1592	-0.0031	0.2255	4.8685	40.2429	15.1717
9	2.0857	1.8395	-1.0596	2.0048	-1.7243	2.4375	0.2425	0.127	0.4528	0.31	-0.1628	-0.3505	-0.3354	0.5557	-0.0246	0.232	-0.0226	-0.0186	0.1938	0.0305	0.2276	20.6394	29.2733	19.1048
10	5.8387	-2.765	0.1327	5.3092	1.3924	1.9816	-0.0656	0.2304	0.2562	-0.9267	-0.1753	-1.2085	0.2653	1.1439	-0.1689	0.2874	0.0915	0.199	0.6295	0.1122	0.5056	34.5681	14.5785	26.1648
11	1.9613	-0.6762	-0.8191	4.5881	4.4842	5.7369	0.457	0.0287	0.4965	-0.4078	0.4985	-1.3332	-0.4809	0.3033	0.2078	0.3497	-0.0885	0.0162	0.3627	-0.1032	0.3534	24.2161	29.1697	36.6293
12	2.7757	-0.1744	0.4466	1.4977	0.2356	1.2071	-0.151	-0.2321	0.2364	0.0812	-0.0151	0.0924	-0.1985	0.0088	0.0677	0.2023	-0.014	-0.0331	0.1318	0.0059	0.1571	8.5357	27.1871	35.9634
13	2.3987	0.7806	0.7665	4.4458	1.1898	3.9317	0.049	0.1422	-0.1477	-0.3422	-0.0026	-0.3183	0.0105	0.1154	0.0376	0.1844	0.0256	0.0328	0.1685	0.0184	0.2028	18.3249	11.9674	25.7752
14	3.113	-0.7458	0.4144	2.4638	-0.244	2.4095	-0.0647	-0.1569	-0.0454	0.4118	-0.0047	-0.1406	-0.1034	0.1223	0.0655	0.2899	-0.0044	-0.042	0.2082	-0.009	0.1594	12.3361	21.662	45.1663
15	4.0487	2.0946	1.4253	3.511	1.2914	3.1478	-0.0857	0.1119	-0.1474	-0.0741	0.1376	-0.2619	0.0138	0.4457	0.0042	0.1589	0.0294	0.0227	0.2588	0.0389	0.2219	22.6352	8.3003	30.4378
16	4.7306	0.8321	1.5198	4.5743	1.1584	5.3038	0.2623	-0.116	-0.546	0.5418	0.1574	-1.2476	0.4739	0.9167	-0.0612	0.2388	0.0859	-0.0259	0.4181	0.0453	0.5246	32.1371	5.2937	33.2766
17	6.0053	-1.5208	0.9028	2.8285	-0.9228	1.2994	0.1561	-0.2769	-0.2388	0.0147	-0.112	-0.1021	0.1073	0.0857	0.0428	0.1886	-0.0144	0.0158	0.1657	0.0245	0.2329	10.485	9.5256	37.6304
18	1.9675	-1.2289	-0.4582	3.8354	0.2147	1.2671	0.0619	0.1003	-0.1516	-0.3335	-0.1355	0.2492	-0.0579	-0.0213	0.0767	0.2315	-0.0009	-0.0465	0.2076	0.0027	0.1807	0.5724	15.5917	23.8848
19	7.2072	-1.8613	0.111	2.074	-0.8108	6.4333	0.0402	0.1711	-0.1222	-0.1275	-0.3754	-0.1302	0.6626	0.3875	0.392	0.3342	0.0269	0.0499	0.2297	0.0434	0.2133	12.5205	15.9642	14.1289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 269 through 287 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 288 through 304 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 305 through 340 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 341 through 387 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 388 through 413 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 414 through 438 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 439 through 463 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 464 through 512 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 498 through 506 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 269 through 287 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 288 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 299 through 340 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 341 through 371 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 372 through 413 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 414 through 438 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 439 through 465 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 466 through 494 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 495 through 518 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 498 through 506 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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