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- PDB-4s14: Crystal structure of the orphan nuclear receptor RORgamma ligand-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s14
タイトルCrystal structure of the orphan nuclear receptor RORgamma ligand-binding domain in complex with 4alpha-caboxyl, 4beta-methyl-zymosterol (4ACD8)
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • Nuclear receptor-interacting protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ovarian follicle rupture / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage ...ovarian follicle rupture / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / histone deacetylase complex / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / nuclear retinoid X receptor binding / xenobiotic metabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / fibrillar center / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear speck / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Nuclear receptor ROR ...Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4D8 / Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.542 Å
データ登録者Huang, P. / Santori, F.R. / Littman, D.R. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Cell Metab / 年: 2015
タイトル: Identification of Natural ROR gamma Ligands that Regulate the Development of Lymphoid Cells.
著者: Santori, F.R. / Huang, P. / van de Pavert, S.A. / Douglass, E.F. / Leaver, D.J. / Haubrich, B.A. / Keber, R. / Lorbek, G. / Konijn, T. / Rosales, B.N. / Rozman, D. / Horvat, S. / Rahier, A. / ...著者: Santori, F.R. / Huang, P. / van de Pavert, S.A. / Douglass, E.F. / Leaver, D.J. / Haubrich, B.A. / Keber, R. / Lorbek, G. / Konijn, T. / Rosales, B.N. / Rozman, D. / Horvat, S. / Rahier, A. / Mebius, R.E. / Rastinejad, F. / Nes, W.D. / Littman, D.R.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7373
ポリマ－31,2942
非ポリマー4431
水00
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,42118
ポリマ－187,76512
非ポリマー2,6566
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area14880 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area65420 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.179, 158.179, 129.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 29913.531 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1F3, RORC, RORG, RZRG / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear factor RIP140 / Receptor-interacting protein 140


分子量: 1380.632 Da / 分子数: 1 / 断片: LxxLL binding motif / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48552
#3: 化合物 ChemComp-4D8 / (3beta,4alpha,5beta,14beta)-3-hydroxy-4-methylcholesta-8,24-diene-4-carboxylic acid / 4alpha-carboxy-4beta-methyl-zymosterol / 4-メチルジモステロ-ル-4-カルボン酸


分子量: 442.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H46O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.3M Potassium sodium tartrate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.54→50 Å / Num. all: 12173 / Num. obs: 12173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.542→47.111 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 567 4.71 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
all0.1882 12156 --
obs0.1882 12041 99.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.542→47.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2075 0 32 0 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7552912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.244817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5418-3.89810.22841410.20562765X-RAY DIFFRACTION98
3.8981-4.46180.23091460.17382816X-RAY DIFFRACTION99
4.4618-5.61990.18571520.17072851X-RAY DIFFRACTION99
5.6199-47.11470.23641280.1983042X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21591.124-2.22821.7597-0.97442.52580.0961-0.11220.10560.30150.08550.43810.1623-0.28-0.12530.4956-0.06670.14070.47690.13530.506951.1448-45.2917-14.6793
22.32561.60161.24612.5738-0.66763.82990.0829-0.33140.20940.1524-0.2190.0306-0.22380.0637-0.41340.7155-0.14010.31130.98-0.08280.534353.8567-35.41632.4844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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