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- PDB-4s12: 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phospha... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s12 | ||||||
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Title | 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica. | ||||||
![]() | N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | ||||||
![]() | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / N-acetylmuramic acid catabolic process / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / carbon-oxygen lyase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 369.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 305.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 467.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 473.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lzjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31365.244 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM 13030 / CIP 106945 / Y11 / Gene: murQ, Y11_42431 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: E7B2C4, UniProt: A0A0H2UKZ5*PLUS, N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2014 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→30 Å / Num. obs: 125532 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6249 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4LZJ Resolution: 1.55→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.044 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.071 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→29.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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