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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s12 | ||||||
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タイトル | 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica. | ||||||
要素 | N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / N-acetylmuramic acid catabolic process / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / carbon-oxygen lyase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11 (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica. 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4s12.cif.gz | 369.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4s12.ent.gz | 305.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4s12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4s12_validation.pdf.gz | 467.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4s12_full_validation.pdf.gz | 473.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4s12_validation.xml.gz | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4s12_validation.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s12 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4lzjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31365.244 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11 (腸炎エルシニア) 株: DSM 13030 / CIP 106945 / Y11 / 遺伝子: murQ, Y11_42431 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: E7B2C4, UniProt: A0A0H2UKZ5*PLUS, N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月27日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 125532 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6249 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4LZJ 解像度: 1.55→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.044 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.071 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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