PDB-4s0q: The X-ray structure of the adduct formed in the reaction between ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s0q

タイトル

The X-ray structure of the adduct formed in the reaction between bovine pancreatic ribonuclease and carboplatin

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE/RNA / ribonuclease / RNA cleavage / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Merlino, A.

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2015
タイトル: Interactions of carboplatin and oxaliplatin with proteins: Insights from X-ray structures and mass spectrometry studies of their ribonuclease A adducts.
著者: Messori, L. / Marzo, T. / Merlino, A.

履歴

登録	2015年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s0q.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s0q.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s18C 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1a5q-d 3rat-d 2w5k-1 8rat-d 3i7y-d 4rte-d 5jml-2 4j6a-d 1eie-d 3mzq-d 3mzr-d 1fs3-d 6ytm-1 2e3w-d 1izp-d 1b6v-2 2blp-d 1c9v-d 2rat-d 3jw1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.521, 32.499, 72.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-QPT / carboplatin 分子量: 371.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂N₂O₄Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Crystals of the RNase A-carboplatin adduct have been obtained by soaking experiments where pre-grown monoclinic protein crystals were incubated with an excess of the platinum drug (at a ...詳細: Crystals of the RNase A-carboplatin adduct have been obtained by soaking experiments where pre-grown monoclinic protein crystals were incubated with an excess of the platinum drug (at a protein to platinum ratio 1:10). Crystals of RNase A were grown by hanging-drop vapor mixing 1 L of RNase A at 20 mg mL-1 with equal volumes of reservoir solution containing 20% PEG4000 and 20 mM sodium citrate buffer pH 5.0 at 298 K. Two weeks after their appearance, crystals were soaked for four days in a solution of Carboplatin dissolved in 10 L of reservoir. At the final, Pt drug:protein concentrations were in 10:1 ratio., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.21 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Crystals of the RNase A-carboplatin adduct have been obtained by soaking experiments where pre-grown monoclinic protein crystals were incubated with an excess of the platinum drug (at a ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→72.71 Å / Num. all: 14095 / Num. obs: 14095 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.124

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb code 1JVT, chain A without water molecules and ligands

1jvt

解像度: 2.09→72.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.663 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26175	709	5 %	RANDOM
R_work	0.20518	-	-	-
all	0.20801	13380	-	-
obs	0.20801	13380	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	-0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→72.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	2	104	1950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.926	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.895	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.511	25.227	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.188	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.612	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.744	3.631	948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.744	3.631	947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.991	5.424	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.99	5.424	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.219	3.916	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.219	3.916	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.656	5.734	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.465	29.136	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.454	29.11	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.093→2.148 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	55	-
R_work	0.261	909	-
obs	-	-	92.16 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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