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万見
- PDB-4s05: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae PmrA in complex with P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s05
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae PmrA in complex with PmrA box DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • DNA-binding transcriptional regulator BasR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Two-Component System / response regulator / PmrA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional regulator BasR / :
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Hsiao, C.D. / Weng, T.H. / Li, Y.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and dynamics of polymyxin-resistance-associated response regulator PmrA in complex with promoter DNA.
著者: Lou, Y.C. / Weng, T.H. / Li, Y.C. / Kao, Y.F. / Lin, W.F. / Peng, H.L. / Chou, S.H. / Hsiao, C.D. / Chen, C.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding transcriptional regulator BasR
B: DNA-binding transcriptional regulator BasR
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7628
ポリマ－68,5814
非ポリマー1814
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.640, 162.640, 131.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding transcriptional regulator BasR


分子量: 26305.926 Da / 分子数: 2 / 変異: W181G, I220D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: JM45 / 遺伝子: N559_3529 / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S5YJU7, UniProt: A0A0R4I965*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7960.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: leading strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8009.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: lagging strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.33 Å3/Da
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.8
詳細: 0.1 M CAPS, pH 9.8, 0.8 M Sodium acetate, 12% (w/v) polyethylene glycol 1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→30 Å / Num. obs: 19931 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.259
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→29.828 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1997 10.02 %
Rwork0.1783 --
obs0.1833 19930 99.07 %
all-19931 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 1066 10 0 4528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0374715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4436616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3111844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.8960.33261420.30741250X-RAY DIFFRACTION99
3.896-4.00110.36241390.26881264X-RAY DIFFRACTION100
4.0011-4.11860.27551440.24681286X-RAY DIFFRACTION100
4.1186-4.25110.28351370.20851253X-RAY DIFFRACTION99
4.2511-4.40260.22391440.19181271X-RAY DIFFRACTION99
4.4026-4.57830.24931430.17491250X-RAY DIFFRACTION99
4.5783-4.78590.24581420.16211294X-RAY DIFFRACTION99
4.7859-5.03710.19161420.16541268X-RAY DIFFRACTION100
5.0371-5.35090.21081420.17051296X-RAY DIFFRACTION100
5.3509-5.76140.23531460.19341287X-RAY DIFFRACTION100
5.7614-6.33610.23971510.1861298X-RAY DIFFRACTION100
6.3361-7.24150.24181410.18341305X-RAY DIFFRACTION100
7.2415-9.08060.19211410.14091323X-RAY DIFFRACTION100
9.0806-29.82860.20261430.16311288X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.00920.00620.00250.02250.00860.0161-0.0278-0.0544-0.0609-0.18590.11580.17240.0161-0.01750.32780.1142-0.1719-0.1544-0.2236-0.4704-1.063387.655945.299921.1438
20.15370.00020.05910.8735-0.14120.1209-0.16660.0533-0.2321-0.1408-0.0467-0.26720.02320.0403-0.79570.3759-0.15430.2446-0.0929-0.2070.415102.968226.388313.2902
30.15-0.1062-0.01290.53210.13360.84310.0091-0.2-0.0024-0.07110.206-0.16990.02060.2591.42820.1577-0.06030.07080.3850.0791-0.205296.90437.448544.8908
40.49390.1021-0.23720.70450.39650.7701-0.52080.0582-0.6506-0.3286-0.04190.15470.4642-0.1746-1.13420.9713-0.28240.20240.0954-0.05240.682180.741312.042715.6481
50.1957-0.32920.29070.5502-0.44190.6927-0.04520.04650.0114-0.051-0.1075-0.2379-0.00550.2036-0.33060.7077-0.48560.46810.3261-0.05350.612110.087934.8509-2.7568
60.0540.06440.06450.10.05340.0605-0.06440.096-0.1079-0.38750.0615-0.06760.0759-0.20390.21411.3939-0.4678-0.02160.56-0.15530.885284.93610.7681-4.1061
70.0593-0.0071-0.11630.22550.00310.2274-0.11580.0819-0.0454-0.0746-0.13890.19490.0217-0.14970.00570.8588-0.36240.18110.5324-0.3131.333173.3955-6.6075-1.1255
80.45070.0803-0.03660.0701-0.11820.2746-0.0479-0.0334-0.2501-0.00420.0513-0.0189-0.00640.05270.18290.7065-0.37250.55040.4793-0.15470.835991.10756.9399-7.9175
90.0850.1114-0.11230.377-0.21320.1508-0.0079-0.01130.1142-0.1855-0.1543-0.3917-0.1970.3091-0.24291.0058-0.34090.38330.6419-0.08370.7953108.859732.2121-3.1058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:119 )A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 120:219 )A120 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:104 )B1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 105:219 )B105 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 1:9 )C1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 10:26 )C10 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 1:7 )D1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 8:14 )D8 - 14
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 15:26 )D15 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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