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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rzp
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR366.
要素Engineered Protein OR366
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Engineered Protein / OR366
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Dimaio, F. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. ...Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Dimaio, F. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein OR366
著者: Vorobiev, S. / Parmeggiani, F. / Dimaio, F. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered Protein OR366
B: Engineered Protein OR366


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1702
ポリマ－54,1702
非ポリマー00
水1,29772
1
A: Engineered Protein OR366


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0851
ポリマ－27,0851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Engineered Protein OR366


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0851
ポリマ－27,0851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.718, 81.256, 97.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,22.89 kD,62.4%|monomer,21.3 kD,23.6%

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要素

#1: タンパク質 Engineered Protein OR366


分子量: 27085.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG, OR366-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 5.8
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 27% PEG 3350, 0.1M MES pH 5.8, 5% w/v 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate, ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 27% PEG 3350, 0.1M MES pH 5.8, 5% w/v 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate, microbatch under paraffin oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 23566 / Num. obs: 23566 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 62.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.938 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2342 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HXT

4hxt


解像度: 2.804→41.716 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1152 4.99 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.197 23089 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.18 Å2 / Biso mean: 63.773 Å2 / Biso min: 29.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→41.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3610 0 0 72 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2554888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9791359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.804-2.9320.3161310.2422811294299
2.932-3.0860.3491580.25927562914100
3.086-3.280.3311770.24727862963100
3.28-3.5330.2781550.23127832938100
3.533-3.8880.3171310.2262441257288
3.888-4.450.2751270.1512794292199
4.45-5.6050.1991500.1722749289999
5.605-41.720.2171230.1652817294099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17940.06630.53530.1963-0.06831.7865-0.02030.0043-0.0357-0.0089-0.0371-0.03680.01130.001700.35850.01440.0070.3608-0.00060.3821-8.6871-7.004617.3712
20.7837-0.28260.3351.0042-0.27271.5108-0.06740.0173-0.0140.0189-0.00720.00420.0159-0.0899-00.31510.00210.01510.3385-0.00550.3438-24.3803-4.736838.1822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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