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- PDB-4rzi: Crystal structure of PhaB from Synechocystis sp. PCC 6803 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rzi
タイトルCrystal structure of PhaB from Synechocystis sp. PCC 6803
要素3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family / AcAcCoA reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
: / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acetoacetyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.891 Å
データ登録者Xue, S. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-directed construction of a high-performance version of the enzyme FabG from the photosynthetic microorganism Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Liu, Y. / Feng, Y. / Cao, X. / Li, X. / Xue, S.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
A: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
C: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0803
ポリマ－76,0803
非ポリマー00
水00
1
B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4404
ポリマ－101,4404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area13390 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
2
A: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
C: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

A: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
C: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4404
ポリマ－101,4404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+2/31
Buried area13530 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.806, 122.806, 199.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase


分子量: 25360.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: fabG, MYO_113190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1M987, UniProt: P73826*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.22M MgAC, 0.1M sodium cacodylater trihydrate pH6.5, 18%PEG8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 20301 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 42 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.89-2.94199
2.94-3.53199
3.53-4.591100
4.59-7.841100
7.84-50199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.891→38.765 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1038 5.12 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
all0.2031 20301 --
obs0.2031 20268 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.891→38.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5316 0 0 0 5316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2537311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3921947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8908-3.04310.35311510.27872674X-RAY DIFFRACTION98
3.0431-3.23370.30391590.25662725X-RAY DIFFRACTION100
3.2337-3.48320.31751470.23562730X-RAY DIFFRACTION100
3.4832-3.83350.25731510.20532766X-RAY DIFFRACTION100
3.8335-4.38750.231480.18532781X-RAY DIFFRACTION100
4.3875-5.52530.19781480.16542804X-RAY DIFFRACTION99
5.5253-38.76830.18581340.16852750X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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