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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ryw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the photoconverted green fluorescent protein NowGFP_conv (the variant of cyan Cerulean) at pH 7.0 | ||||||
![]() | NowGFP_conv | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / photoconverted NowGFP / TWG chromophore / beta-barrel / variant of cyan Cerulean | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the green fluorescent protein NowGFP with an anionic tryptophan-based chromophore. 著者: Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Sarkisyan, K.S. / Mishin, A.S. / Lukyanov, K.A. / Goryacheva, E.A. / Ziganshin, R.H. / Dauter, Z. / Pletnev, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Three molecules in the assymetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27969.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 配列の詳細 | This construct is a gene engineered variant of the cyan fluorescent protein Cerulean | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Na Acetate pH=4.5, 30% (v/v) PEG 5000 mono methyl ether, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 23175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 6.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WSO 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / WRfactor Rfree: 0.2862 / WRfactor Rwork: 0.2033 / FOM work R set: 0.769 / SU B: 13.06 / SU ML: 0.297 / SU Rfree: 0.3815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.95 Å2 / Biso mean: 37.682 Å2 / Biso min: 14.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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