PDB-4ryf: ClpP1/2 heterocomplex from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ryf

タイトル

ClpP1/2 heterocomplex from Listeria monocytogenes

要素

(ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit) x 2

キーワード

HYDROLASE / Pathogenic bacteria / Enzyme catalysis / Proteolysis / Ser-protease / Heterocomplex / ClpP

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dahmen, M. / Vielberg, M.-T. / Groll, M. / Sieber, S.A.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the caseinolytic protease ClpP1/2 heterocomplex from Listeria monocytogenes.
著者: Dahmen, M. / Vielberg, M.T. / Groll, M. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2014年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ryf.cif.gz	981 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ryf.ent.gz	818.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ryf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4ryf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4ryf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jcqS 4jctS 2fzs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fzs-d 3v5i-1 3v5e-d 5dzk-2 5c90-d 3p2l-1 5dzk-1 5g1r-1 3v5i-2 5e0s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

317 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.230, 127.150, 265.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.631688, -0.614401, -0.472737), (0.641634, 0.756599, -0.125953), (0.435058, -0.223761, 0.872155)	-2.00653, -17.33913, -12.44223
3	given	(-0.205631, -0.740458, -0.639873), (0.832985, 0.210762, -0.511582), (0.513666, -0.638201, 0.573451)	12.95146, -30.25041, -20.98034
4	given	(-0.8897, -0.286088, -0.355791), (0.425779, -0.23871, -0.872771), (0.164759, -0.927993, 0.334191)	34.88639, -29.27438, -18.57713
5	given	(-0.896415, 0.418471, 0.146022), (-0.268407, -0.250372, -0.9302), (-0.352702, -0.873038, 0.336758)	46.08775, -14.52639, -6.99402
6	given	(-0.222672, 0.832684, 0.507005), (-0.734935, 0.198321, -0.64849), (-0.640537, -0.517016, 0.567809)	39.1497, 1.98869, 4.64116
7	given	(0.618852, 0.647814, 0.444251), (-0.620064, 0.750077, -0.230011), (-0.482227, -0.133121, 0.865873)	18.81076, 9.16384, 8.02931

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp / ClpP1 subunit 分子量: 22701.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: clpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y7Y1, endopeptidase Clp
#2: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp / ClpP2 subunit 分子量: 22468.670 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: clpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQI6, endopeptidase Clp
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium-Malonate, 40% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月19日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 81904 / Num. obs: 78792 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JCQ, 4JCT

4jcq

4jct

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 26.555 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21573	3941	5 %	RANDOM
R_work	0.17962	-	-	-
obs	0.18144	74817	96.21 %	-
all	-	78758	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19674	0	63	155	19892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	19975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.919	1.965	26978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.024	5	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.954	25.385	910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.353	15	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.581	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	14808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.93	3.99	10111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.473	5.961	12602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.53	4.304	9864
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.333	32.995	30031
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.796	3	19975
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.771	5	76
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	20.632	5	19816

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	292	-
R_work	0.286	5553	-
obs	-	-	98.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0897	0.142	0.0655	0.8374	0.068	0.1634	-0.0184	0.0783	-0.0433	-0.0558	0.0274	-0.0644	-0.0341	0.0446	-0.009	0.0415	-0.0159	0.0186	0.1078	-0.021	0.0525	54.451	13.8131	-53.7932
2	0.443	0.1928	-0.038	0.2315	-0.0674	0.1746	-0.024	0.0959	-0.0467	-0.0397	0.0015	0.0029	0.0011	0.0001	0.0225	0.0662	-0.0127	0.017	0.096	-0.0454	0.0285	37.6016	-1.9055	-66.6525
3	0.4205	0.0757	-0.313	0.306	-0.0147	0.315	-0.034	0.1061	-0.0376	-0.0297	-0.0062	0.0332	0.0086	-0.0355	0.0403	0.065	-0.0233	-0.0144	0.1267	-0.0449	0.0308	11.2625	-0.4995	-67.858
4	0.2429	0.0056	-0.0042	0.1099	0.1961	0.7066	-0.019	0.0868	-0.0111	-0.0327	0.0005	0.0262	0.0146	-0.0923	0.0185	0.0357	-0.0129	-0.0292	0.0929	-0.0048	0.0392	-4.8615	16.8011	-56.3341
5	0.2467	0.0104	-0.022	0.0518	-0.0024	0.5048	-0.0073	0.0476	0.0548	-0.0037	-0.002	0.033	-0.0362	-0.0587	0.0094	0.0367	0.0045	-0.0166	0.0509	0.0073	0.0643	1.4425	37.267	-40.8347
6	0.4481	-0.0978	0.211	0.1626	-0.0341	0.3244	-0.0141	0.0241	0.0766	-0.0186	0.0076	0.028	-0.0598	-0.0055	0.0065	0.048	-0.0016	-0.0023	0.0305	0.0144	0.0672	25.3879	45.2621	-33.0525
7	0.3147	-0.2067	0.0487	0.4728	-0.1434	0.1387	-0.0005	0.0462	0.0338	-0.0132	0.0176	-0.0223	-0.0147	0.0228	-0.0171	0.0411	-0.0172	0.0025	0.0502	0.0053	0.0521	49.0139	34.7361	-38.757
8	0.5885	0.2181	-0.1879	0.393	-0.1139	0.2997	-0.0211	0.0153	-0.1348	0.0216	0.0219	0.0032	0.0716	0.0473	-0.0008	0.0542	0.0071	0.0132	0.0171	-0.0151	0.1083	36.445	-28.8913	-28.7159
9	0.4113	0.1955	-0.0414	0.6482	-0.1499	0.286	-0.007	-0.0311	-0.0746	0.0095	0.0037	-0.0023	0.0468	0.0057	0.0033	0.0292	0.0046	0.0013	0.0374	0.0021	0.0612	51.8873	-12.0116	-15.0492
10	0.2228	0.0094	-0.0069	0.4326	-0.0133	0.1535	0.0018	-0.0346	-0.0488	0.0114	0.0065	0.0036	0.0293	0.001	-0.0082	0.0387	0.0026	-0.0032	0.0545	0.0019	0.0439	44.8135	8.9165	-0.3441
11	0.3391	-0.1099	0.1224	0.3887	-0.1032	0.2383	0.0066	-0.0374	-0.0307	0.0293	-0.0056	0.004	0.0385	-0.0003	-0.0009	0.0402	-0	0.0075	0.0589	-0.0018	0.0432	20.2514	18.3208	4.5526
12	0.2517	0.0351	0.0767	0.2916	-0.0466	0.4094	-0.0003	-0.0263	-0.0206	0.0316	-0.0224	0.0065	0.0444	-0.0118	0.0228	0.0331	-0.0067	0.0109	0.055	-0.0028	0.0502	-3.1175	8.8583	-4.2276
13	0.2635	0.0579	0.0994	0.1779	0.0758	0.4335	-0.0032	0.0084	-0.0723	0.0182	-0.019	0.027	0.0147	0.0189	0.0222	0.0447	-0.0085	0.018	0.0407	-0.0017	0.0599	-7.6634	-12.1389	-20.2028
14	0.2895	-0.0289	-0.0175	0.1434	0.0961	0.1673	-0.0292	0.0356	-0.118	0.0159	0.0218	0.003	0.0578	-0.0235	0.0074	0.0551	-0.0253	0.0258	0.0247	-0.017	0.0926	9.7785	-29.0031	-30.9926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	17 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	17 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	17 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	3 - 193
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	3 - 194
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	3 - 194
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	3 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	3 - 194

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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