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- PDB-4ryc: RENIN IN COMPLEXED WITH 4-methoxy-3-(3-methoxypropoxy)-N-{[(3S,4S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryc
タイトルRENIN IN COMPLEXED WITH 4-methoxy-3-(3-methoxypropoxy)-N-{[(3S,4S)-4-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}pyrrolidin-3-yl]methyl}-N-(propan-2-yl)benzamide INHIBITOR
要素Renin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / response to cAMP / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / insulin-like growth factor receptor binding / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Ostermann, N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: trans-(3S,4S)-Disubstituted pyrrolidines as inhibitors of the human aspartyl protease renin. Part I: Prime site exploration using an amino linker.
著者: Lorthiois, E. / Cumin, F. / Ehrhardt, C. / Kosaka, T. / Sellner, H. / Ostermann, N. / Francotte, E. / Wagner, T. / Maibaum, J.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年6月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / diffrn_detector
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2188
ポリマ－74,5342
非ポリマー1,6846
水3,999222
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1184
ポリマ－37,2671
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1004
ポリマ－37,2671
非ポリマー8333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,65424
ポリマ－223,6026
非ポリマー5,05218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area16210 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area73300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.719, 141.719, 141.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00797, renin
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 226分子

#3: 化合物 ChemComp-3ZK / 4-methoxy-3-(3-methoxypropoxy)-N-{[(3S,4S)-4-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}pyrrolidin-3-yl]methyl}-N-(propan-2-yl)benzamide


分子量: 533.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, 20 DEG C, 1 UL PROTEIN + 1 UL RESERVOIR; PROTEIN SOLUTION: 31.7 MG/ML RENIN, 12.5 MM TRIS PH 8, 25 MM NACL; RESERVOIR SOLUTION: 21% PEG4000, 50 MM NACITRATE PH ...詳細: HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, 20 DEG C, 1 UL PROTEIN + 1 UL RESERVOIR; PROTEIN SOLUTION: 31.7 MG/ML RENIN, 12.5 MM TRIS PH 8, 25 MM NACL; RESERVOIR SOLUTION: 21% PEG4000, 50 MM NACITRATE PH 4.5, 600 MM NACL; SOAKING: DROP PLUS 2.5 UL RESERVOIR SOLUTION PLUS 10 MM COMPOUND AND 10% DMSO FOR 30 MIN; CRYO: SOAKING SOLUTION PLUS 15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→33.07 Å / Num. obs: 34123 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 62.06 Å2
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→33.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9458 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 3409 10.02 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
obs0.1943 34020 96.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.303 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5170 0 111 222 5503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015409HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.197347HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1806SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes790HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5409HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion722SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6132SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 278 9.88 %
Rwork0.2266 2535 -
all0.232 2813 -
obs--96.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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