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万見
- PDB-4ry0: Crystal structure of ribose transporter solute binding protein RH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ry0
タイトルCrystal structure of ribose transporter solute binding protein RHE_PF00037 from Rhizobium etli CFN 42, TARGET EFI-511357, in complex with D-ribose
要素Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribopyranose / D-apiose import binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Hillerich, B. / Siedel, R.D. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ribose Transporter Solute Binding Protein from Rhizobium Etly, Target Efi-511357
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8584
ポリマ－30,6321
非ポリマー2263
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.110, 36.766, 95.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-723-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein


分子量: 30632.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌) / 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_PF00037 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2JZQ5
#2: 糖 ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT, 10 MM D-RIBOSE); RESERVOIR: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 20% (w/v) PEG 4000; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION PLUS 20% D-GLUCOSE ...詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT, 10 MM D-RIBOSE); RESERVOIR: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 20% (w/v) PEG 4000; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION PLUS 20% D-GLUCOSE SOLUTION; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 57304 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.851 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18106 1724 3.1 %RANDOM
Rwork0.14341 ---
obs0.1446 53653 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å2-1.08 Å2
2--3.84 Å2-0 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2120 0 12 261 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.9622944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44834838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.67426.95792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73615376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.484155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1961.9221156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2321.9151155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3143.2461446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3373.2521447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9592.6961017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.9592.6961017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.984.0991497
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.43410.0062704
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.349.5342577
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.40434271
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.549578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.75454428
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 144 -
Rwork0.253 3842 -
obs--96.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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