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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rxd | ||||||
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タイトル | T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Risedronate | ||||||
要素 | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, R. / Liu, Y.-L. / Oldfield, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2015 タイトル: Farnesyl diphosphate synthase inhibitors with unique ligand-binding geometries. 著者: Liu, Y.L. / Cao, R. / Wang, Y. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rxd.cif.gz | 234.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rxd.ent.gz | 186.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44475.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 10% MPD, 0.1 AMMONIUM ACETATE, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 82972 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OGD 解像度: 2→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.137 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.9 Å2 / Biso mean: 28.582 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
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