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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rww | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of L. monocytogenes PstA in complex with cyclic-di-AMP | ||||||
要素 | Lmo2692 protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / PII-like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cyclic-di-AMP receptor / Cyclic-di-AMP receptor / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, P.H. / Tong, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2015 タイトル: Molecular basis for the recognition of cyclic-di-AMP by PstA, a PII -like signal transduction protein. 著者: Choi, P.H. / Sureka, K. / Woodward, J.J. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rww.cif.gz | 86.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rww.ent.gz | 66.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rww | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12343.028 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y3Y7 #2: 化合物 | ChemComp-2BA / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 54378 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3M05 解像度: 1.6→29.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.36 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.624 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.58 Å
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拘束条件 |
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