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- PDB-4rwn: Crystal structure of the pre-reactive state of porcine OAS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rwn
タイトルCrystal structure of the pre-reactive state of porcine OAS1
要素
  • 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
キーワードTRANSFERASE/RNA / Innate immunity / pathogen RNA sensor / Interferon-induced / dsRNA-activated / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transformation of host cell by virus / 2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / defense response to virus / innate immune response / endoplasmic reticulum / mitochondrion ...negative regulation of transformation of host cell by virus / 2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / defense response to virus / innate immune response / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain ...2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / RNA / RNA (> 10) / 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lohoefener, J. / Steinke, N. / Kay-Fedorov, P. / Baruch, P. / Nikulin, A. / Tishchenko, S. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Activation Mechanism of 2'-5'-Oligoadenylate Synthetase Gives New Insights Into OAS/cGAS Triggers of Innate Immunity.
著者: Lohofener, J. / Steinke, N. / Kay-Fedorov, P. / Baruch, P. / Nikulin, A. / Tishchenko, S. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4739
ポリマ－53,3663
非ポリマー1,1086
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.400, 72.400, 205.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2'-5'-oligoadenylate synthase 1 / (2-5')oligo(A) synthase 1 / 2-5A synthase 1 / p42 OAS


分子量: 41278.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29599, 2'-5' oligoadenylate synthase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6017.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 6069.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 259分子

#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.3, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 23% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月11日 / 詳細: Sagitally bended Si111-crystal
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.04 Å / Num. all: 38162 / Num. obs: 37965 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 37.52 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.04 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1886 4.98 %
Rwork0.188 --
obs0.19 37859 99.6 %
all-38162 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 799 66 253 3952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8085420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1131589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.34331310.29322606X-RAY DIFFRACTION96
2.0541-2.11450.33091390.25862707X-RAY DIFFRACTION100
2.1145-2.18280.2741420.2412744X-RAY DIFFRACTION100
2.1828-2.26080.29451380.23222731X-RAY DIFFRACTION100
2.2608-2.35130.26061390.21562734X-RAY DIFFRACTION100
2.3513-2.45830.25281560.20272715X-RAY DIFFRACTION100
2.4583-2.58790.24641510.20022764X-RAY DIFFRACTION100
2.5879-2.750.26421290.19662748X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.96220.28011460.20672769X-RAY DIFFRACTION100
2.9622-3.26020.24741570.19452769X-RAY DIFFRACTION99
3.2602-3.73170.19541570.17222796X-RAY DIFFRACTION100
3.7317-4.70050.20131440.15432859X-RAY DIFFRACTION100
4.7005-41.04820.2011570.16163031X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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