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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rwm | |||||||||
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タイトル | Kuenenia stuttgartiensis hydroxylamine oxidoreductase cryoprotected with ethylene glycol | |||||||||
![]() | Similar to hydroxylamine oxidoreductase hao | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P468 cofactor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hydroxylamine oxidase / anaerobic respiration, using ammonium as electron donor / hydroxylamine oxidoreductase activity / anammoxosome / protein homotrimerization / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dietl, A. / Maalcke, W. / Barends, T.R.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: An unexpected reactivity of the P460 cofactor in hydroxylamine oxidoreductase. 著者: Dietl, A. / Maalcke, W. / Barends, T.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Trimer confirmed by AUC, PX, analytical gel filtration, static light scattering |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56543.637 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 37-536 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q1PX48, hydroxylamine oxidase |
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-非ポリマー , 5種, 526分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HG1.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HG1.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-HG1 / | #5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.05- 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 7.4 and the detergent additive cyclohexylbutanoyl-N-hydroxyethylglucamide (C-HEGA-10) at a final concentration of 35 mM, VAPOR ...詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.05- 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 7.4 and the detergent additive cyclohexylbutanoyl-N-hydroxyethylglucamide (C-HEGA-10) at a final concentration of 35 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: 111 Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 68117 / Num. obs: 68117 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 10121 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.266 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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