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- PDB-4rwh: Crystal structure of T cell costimulatory ligand B7-1 (CD80) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rwh
タイトルCrystal structure of T cell costimulatory ligand B7-1 (CD80)
要素T-lymphocyte activation antigen CD80
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ig fold / T cell costimulatory ligand B7-1
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent Vav1 pathway / Co-inhibition by CTLA4 / Co-stimulation by CD28 / protein complex involved in cell adhesion / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / coreceptor activity / T cell costimulation ...CD28 dependent Vav1 pathway / Co-inhibition by CTLA4 / Co-stimulation by CD28 / protein complex involved in cell adhesion / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / coreceptor activity / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD80
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of T cell costimulatory ligand B7-1 (CD80)
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphocyte activation antigen CD80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3351
ポリマ－12,3351
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.001, 54.001, 85.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

HOH

21A-239-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-lymphocyte activation antigen CD80 / Activation B7-1 antigen / B7


分子量: 12335.271 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd80, B7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00609
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.802→28.534 Å / Num. all: 11322 / Num. obs: 11322 / % possible obs: 99.46 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DR9

1dr9


解像度: 1.802→28.534 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 339 2.99 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
all0.1877 11322 --
obs0.1877 11322 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→28.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数843 0 0 43 886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9671157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.339327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.802-2.26970.26951690.22845456X-RAY DIFFRACTION99
2.2697-28.53770.20721700.17825527X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 68.0483 Å / Origin y: 11.3089 Å / Origin z: 1.2083 Å
111213212223313233
T0.3161 Å20.0011 Å20.0056 Å2-0.4275 Å2-0.0033 Å2--0.1815 Å2
L5.4531 °2-1.3481 °2-1.7733 °2-5.9184 °2-0.5347 °2--4.9708 °2
S0.0138 Å °0.0592 Å °0.1196 Å °-0.0023 Å °0.0259 Å °0.1725 Å °-0.5014 Å °-0.6802 Å °-0.036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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