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万見
- PDB-4rwb: Racemic influenza M2-TM crystallized from monoolein lipidic cubic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rwb
タイトルRacemic influenza M2-TM crystallized from monoolein lipidic cubic phase
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane peptide / proton channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mortenson, D.E. / Steinkruger, J.D. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: High-resolution structures of a heterochiral coiled coil.
著者: Mortenson, D.E. / Steinkruger, J.D. / Kreitler, D.F. / Perroni, D.V. / Sorenson, G.P. / Huang, L. / Mittal, R. / Yun, H.G. / Travis, B.R. / Mahanthappa, M.K. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0285
ポリマ－4,9582
非ポリマー1,0703
水724
1
A: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1923
ポリマ－2,4791
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8362
ポリマ－2,4791
非ポリマー3571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.930, 41.230, 27.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.680, 90.000
Int Tables number14
Space group name H-MP121/c1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 2479.123 Da / 分子数: 2 / 断片: transmembrane domain / 変異: G34A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated via solid-phase peptide synthesis.
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: O70632
#2: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: monoolein lipidic cubic phase / pH: 6.5
詳細: Peptide combined with monoolein at 15-20% (w/w) by codissolving in trifluoroethanol, LCP generated by mixing vacuum-dried solid components with water at 60:40 lipid:water ratio. 200 nL LCP ...詳細: Peptide combined with monoolein at 15-20% (w/w) by codissolving in trifluoroethanol, LCP generated by mixing vacuum-dried solid components with water at 60:40 lipid:water ratio. 200 nL LCP bolus combined with 1 uL solution containing 0.1 M ADA pH 6.5, 24% MPD in glass sandwich plates. Crystals grew in less than 1 day. , monoolein lipidic cubic phase, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.39 Å / Num. obs: 6119 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.14 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 8.88
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.037.22.271640.56195.9
2.03-2.077.182.593450.491196.4
2.07-2.126.993.343580.421195
2.12-2.177.014.353730.328193
2.17-2.237.233.993500.37196.7
2.23-2.297.155.523590.271196.8
2.29-2.367.044.983550.315193.2
2.36-2.447.325.763430.253197.4
2.44-2.527.186.413230.222196.4
2.52-2.627.197.773360.185196.3
2.62-2.737.268.173230.184196.4
2.73-2.867.159.353090.154195.7
2.86-3.017.3110.463080.128198.7
3.01-3.27.1710.43130.142196
3.2-3.457.2313.113120.103196.9
3.45-3.817.2416.293170.087198.1
3.81-4.377.1317.493120.072197.8
4.37-5.527.0120.363080.064197.5
5.52-19.396.7317.643110.065194.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XPREP2008/2 for Windowsデータ削減
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
EMBLMD-2 softwareデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LBW

3lbw


解像度: 2→19.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.934 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2956 283 4.8 %RANDOM
Rwork0.2808 ---
obs0.2816 5919 96.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.64 Å2 / Biso mean: 28.352 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.77 Å2-0 Å2-0.32 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数354 0 75 4 433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.019438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6412.121579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79931223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.616544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.808208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.4651564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.944152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.019395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0277
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 41 -
Rwork0.333 800 -
all-841 -
obs-841 96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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