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- PDB-4rv5: The crystal structure of a solute-binding protein from Anabaena v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rv5
タイトルThe crystal structure of a solute-binding protein from Anabaena variabilis ATCC 29413 in complex with pyruvic acid
要素Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYRUVIC ACID / Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena variabilis ATCC 29413 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a solute-binding protein from Anabaena variabilis ATCC 29413 in complex with pyruvic acid
著者: Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
B: Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9987
ポリマ－84,7272
非ポリマー2715
水18,1051005
1
A: Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5224
ポリマ－42,3631
非ポリマー1583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4763
ポリマ－42,3631
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.525, 100.588, 150.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-941-

HOH

21A-1045-

HOH

31A-1069-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family


分子量: 42363.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena variabilis ATCC 29413 (バクテリア)
株: ATCC 29413 / 遺伝子: Ava_0465 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q3MFZ5
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M MaCl2, 0.1M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→18.8 Å / Num. all: 344461 / Num. obs: 344461 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.996 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 14456 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXDBuilder/HKL3000位相決定
MLPHAREBuilder/HKL3000位相決定
直接法Builder/HKL3000モデル構築
DENZOBuilder/HKL3000データ削減
SCALEPACKBuilder/HKL3000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法Builder/HKL3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.04→18.73 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1306 16176 4.99 %random
Rwork0.1118 ---
obs0.1127 323945 91.4 %-
all-323945 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→18.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5477 0 17 1005 6499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2327845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7912135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0401-1.05190.23592110.20613898X-RAY DIFFRACTION35
1.0519-1.06430.20053020.17475911X-RAY DIFFRACTION53
1.0643-1.07730.17173740.15637452X-RAY DIFFRACTION67
1.0773-1.09090.16584630.14568490X-RAY DIFFRACTION76
1.0909-1.10530.14944850.14039164X-RAY DIFFRACTION82
1.1053-1.12040.15055020.14179576X-RAY DIFFRACTION86
1.1204-1.13640.15284960.1299905X-RAY DIFFRACTION89
1.1364-1.15340.13565430.122310168X-RAY DIFFRACTION91
1.1534-1.17140.13325430.117810374X-RAY DIFFRACTION93
1.1714-1.19060.12595500.115910623X-RAY DIFFRACTION95
1.1906-1.21110.12955450.114310844X-RAY DIFFRACTION97
1.2111-1.23310.1256130.109810851X-RAY DIFFRACTION97
1.2331-1.25690.12985780.109610952X-RAY DIFFRACTION98
1.2569-1.28250.12455530.109410964X-RAY DIFFRACTION98
1.2825-1.31040.13396190.106810970X-RAY DIFFRACTION98
1.3104-1.34090.11965770.106410985X-RAY DIFFRACTION98
1.3409-1.37440.12315710.104211096X-RAY DIFFRACTION99
1.3744-1.41150.12075730.101511091X-RAY DIFFRACTION99
1.4115-1.4530.11885540.097911097X-RAY DIFFRACTION99
1.453-1.49990.10856300.094311112X-RAY DIFFRACTION99
1.4999-1.55350.11336550.093911049X-RAY DIFFRACTION99
1.5535-1.61570.11435760.09711193X-RAY DIFFRACTION100
1.6157-1.68920.11395500.100111227X-RAY DIFFRACTION100
1.6892-1.77820.12415580.106511250X-RAY DIFFRACTION100
1.7782-1.88950.11875890.108511260X-RAY DIFFRACTION100
1.8895-2.03520.12186010.108811238X-RAY DIFFRACTION100
2.0352-2.23970.12796270.106511284X-RAY DIFFRACTION100
2.2397-2.56310.12275560.109211368X-RAY DIFFRACTION100
2.5631-3.22650.14576150.117111378X-RAY DIFFRACTION100
3.2265-18.73270.13985670.120210999X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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