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万見
- PDB-4rus: Carp Fishelectin, holo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rus
タイトルCarp Fishelectin, holo form
要素Fish-egg lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / six-blade beta propeller / lectin / eggs
機能・相同性: / Tectonin domain / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / carbohydrate binding / extracellular region / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Fish-egg lectin
機能・相同性情報
生物種Cyprinus carpio (コイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Capaldi, S. / Faggion, B. / Carrizo, M.E. / Destefanis, L. / Gonzalez, M.C. / Perduca, M. / Bovi, M. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional structure and ligand-binding site of carp fishelectin (FEL).
著者: Capaldi, S. / Faggion, B. / Carrizo, M.E. / Destefanis, L. / Gonzalez, M.C. / Perduca, M. / Bovi, M. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fish-egg lectin
B: Fish-egg lectin
C: Fish-egg lectin
D: Fish-egg lectin
E: Fish-egg lectin
F: Fish-egg lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,32633
ポリマ－152,9756
非ポリマー5,35227
水14,106783
1
A: Fish-egg lectin
B: Fish-egg lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,87112
ポリマ－50,9922
非ポリマー1,87910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
2
C: Fish-egg lectin
D: Fish-egg lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,60810
ポリマ－50,9922
非ポリマー1,6178
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
3
E: Fish-egg lectin
F: Fish-egg lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,84711
ポリマ－50,9922
非ポリマー1,8559
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.410, 120.810, 69.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Fish-egg lectin / FEL


分子量: 25495.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: eggs / 由来: (天然) Cyprinus carpio (コイ) / 参照: UniProt: P68512

-
糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 795分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 783 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M N-Acetyl glucosamine, 19% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate, 0.05 M Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07156 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月21日
放射モノクロメーター: Si(311) and Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07156 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.7 Å / Num. all: 171485 / Num. obs: 171485 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RUQ

4ruq


解像度: 1.7→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.542 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21372 8614 5 %RANDOM
Rwork0.19453 ---
all0.1955 162866 --
obs0.1955 162866 93.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0.62 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10646 0 345 783 11774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9715266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82851413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76126.053456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.662151748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2751518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.0535670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8631.5747077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5631.1465556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.229.47417975
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 630 -
Rwork0.25 12205 -
obs--94.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.366-0.00210.06340.72780.17080.65380.007-0.0149-0.02310.0191-0.02080.02210.0208-0.0790.01390.0018-0.00490.00650.0472-0.00320.058-24.5869-61.120638.3516
20.6265-0.10070.0750.86610.03020.85430.06240.06710.0253-0.181-0.0556-0.04650.0233-0.0273-0.00680.04570.02440.01240.03520.00690.026-16.6-59.557110.759
30.6984-0.0723-0.13211.03450.56251.05390.04860.1055-0.0783-0.1257-0.08950.1046-0.0415-0.06340.04090.03660.03-0.05610.0323-0.04850.1018-58.2495-46.45316.7394
40.7712-0.38910.13540.8023-0.27621.1879-0.0028-0.0637-0.0950.01110.08670.14740.0279-0.1161-0.08390.00740.0079-0.00590.0319-0.00020.1203-60.0686-36.378733.5256
51.11030.14060.01540.5570.04160.785-0.0416-0.05270.21240.0048-0.0252-0.0041-0.0650.07320.06680.02590.0099-0.03950.04050.00520.1232-21.0901-18.133634.21
60.8182-0.29560.13280.8963-0.29120.72470.02640.16650.1521-0.1196-0.1018-0.06530.02280.09820.07540.0480.0277-0.01420.08420.07010.1071-26.0526-17.45415.9594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 305
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 235
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 305
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 236
6X-RAY DIFFRACTION3C301 - 305
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 237
8X-RAY DIFFRACTION4D301 - 304
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 237
10X-RAY DIFFRACTION5E301 - 305
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 237
12X-RAY DIFFRACTION6F301 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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