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万見
- PDB-4rum: Crystal structure of the NiCo transition-metal riboswitch bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rum
タイトルCrystal structure of the NiCo transition-metal riboswitch bound to cobalt
要素NiCo riboswitch RNA
キーワードRNA / RNA helix / Ligand sensor / cobalt and nickel binding / Riboswitch
機能・相同性: / : / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6426 Å
データ登録者Ramesh, A. / Winkler, W.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Bacterial riboswitches cooperatively bind Ni(2+) or Co(2+) ions and control expression of heavy metal transporters.
著者: Furukawa, K. / Ramesh, A. / Zhou, Z. / Weinberg, Z. / Vallery, T. / Winkler, W.C. / Breaker, R.R.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NiCo riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,37816
ポリマ－30,6401
非ポリマー73815
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.790, 95.790, 229.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 NiCo riboswitch RNA


分子量: 30640.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed RNA / 由来: (合成) Synthetic (人工物)

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非ポリマー , 6種, 103分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% v/v methyl pentanediol, 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40 mM lithium chloride and 80 mM strontium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月10日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. all: 16099 / Num. obs: 16067 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.7 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Rsym value: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6426→33.867 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 2252 9.94 %
Rwork0.1939 --
obs0.1976 22654 75.61 %
all-29961 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6426→33.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1995 20 88 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2383486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7051093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6426-2.70010.4163730.3674661X-RAY DIFFRACTION40
2.7001-2.76280.3317940.3497843X-RAY DIFFRACTION50
2.7628-2.83190.3551990.3077895X-RAY DIFFRACTION52
2.8319-2.90840.3022980.2987880X-RAY DIFFRACTION53
2.9084-2.9940.30211000.2473896X-RAY DIFFRACTION53
2.994-3.09050.33581000.2448904X-RAY DIFFRACTION54
3.0905-3.20090.27111140.20291057X-RAY DIFFRACTION63
3.2009-3.3290.20661350.16821291X-RAY DIFFRACTION76
3.329-3.48030.22181610.17261371X-RAY DIFFRACTION83
3.4803-3.66360.18341730.16291585X-RAY DIFFRACTION93
3.6636-3.89290.18291750.15081624X-RAY DIFFRACTION96
3.8929-4.19290.19391810.16141676X-RAY DIFFRACTION99
4.1929-4.61390.22881910.15761676X-RAY DIFFRACTION100
4.6139-5.27940.17991840.16861697X-RAY DIFFRACTION100
5.2794-6.64330.23011830.18271678X-RAY DIFFRACTION100
6.6433-33.86960.26661910.25181668X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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