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- PDB-4ruf: Human K2P4.1 (TRAAAK) potassium channel, W262S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ruf
タイトルHuman K2P4.1 (TRAAAK) potassium channel, W262S mutant
要素Potassium channel subfamily K member 4
キーワードMETAL TRANSPORT / TRAAK POTASSIUM ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / temperature-gated cation channel activity / mechanosensitive potassium channel activity / sensory perception of temperature stimulus / potassium channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / response to ultrasound / Phase 4 - resting membrane potential ...TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / temperature-gated cation channel activity / mechanosensitive potassium channel activity / sensory perception of temperature stimulus / potassium channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / response to ultrasound / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / node of Ranvier / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to fatty acid / potassium channel activity / neuronal action potential / sensory perception of pain / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / memory / cellular response to mechanical stimulus / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TRAAK / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Potassium channel subfamily K member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lolicato, M. / Minor, D.L.Jr.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2014
タイトル: Transmembrane Helix Straightening and Buckling Underlies Activation of Mechanosensitive and Thermosensitive K2P Channels.
著者: Lolicato, M. / Riegelhaupt, P.M. / Arrigoni, C. / Clark, K.A. / Minor, D.L.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 4
B: Potassium channel subfamily K member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2088
ポリマ－66,9732
非ポリマー2356
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.053, 127.982, 130.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1


分子量: 33486.672 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-300 / 変異: W262S, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.58 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG400, 10mM Sarcosine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.31 Å / Num. obs: 38349 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I9W

4i9w


解像度: 3.4→14.993 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 46.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3283 1911 4.98 %
Rwork0.2971 --
obs0.2988 38347 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→14.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 0 6 0 3923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8525472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2292392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.48410.43871180.42422638X-RAY DIFFRACTION100
3.4841-3.57710.5012950.44282697X-RAY DIFFRACTION100
3.5771-3.68080.52081250.47342582X-RAY DIFFRACTION98
3.6808-3.79780.47661270.41842584X-RAY DIFFRACTION99
3.7978-3.93120.44751120.41192622X-RAY DIFFRACTION99
3.9312-4.08550.40851270.37632636X-RAY DIFFRACTION99
4.0855-4.26740.40451850.3472543X-RAY DIFFRACTION98
4.2674-4.48660.38471290.33032575X-RAY DIFFRACTION98
4.4866-4.75930.32631540.29612558X-RAY DIFFRACTION98
4.7593-5.11320.3511750.26172541X-RAY DIFFRACTION98
5.1132-5.60320.27391460.28252601X-RAY DIFFRACTION100
5.6032-6.35920.3711450.32082609X-RAY DIFFRACTION100
6.3592-7.81810.33141230.28552648X-RAY DIFFRACTION100
7.8181-14.99360.24191500.2152604X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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