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- PDB-4ru5: Crystal Structure of the Pseudomonas phage phi297 tailspike gp61 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ru5
タイトルCrystal Structure of the Pseudomonas phage phi297 tailspike gp61
要素tailspike gp27
キーワードLYASE / Beta-helix / tailspike
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Gp49, pectin lyase-like / : / Tailspike protein-like, Ig-like domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Right-handed parallel beta-helix repeat-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage phi297 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Browning, C. / Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The O-specific polysaccharide lyase from the phage LKA1 tailspike reduces Pseudomonas virulence.
著者: Olszak, T. / Shneider, M.M. / Latka, A. / Maciejewska, B. / Browning, C. / Sycheva, L.V. / Cornelissen, A. / Danis-Wlodarczyk, K. / Senchenkova, S.N. / Shashkov, A.S. / Gula, G. / Arabski, M. ...著者: Olszak, T. / Shneider, M.M. / Latka, A. / Maciejewska, B. / Browning, C. / Sycheva, L.V. / Cornelissen, A. / Danis-Wlodarczyk, K. / Senchenkova, S.N. / Shashkov, A.S. / Gula, G. / Arabski, M. / Wasik, S. / Miroshnikov, K.A. / Lavigne, R. / Leiman, P.G. / Knirel, Y.A. / Drulis-Kawa, Z.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.page_first ..._chem_comp.name / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tailspike gp27
B: tailspike gp27
C: tailspike gp27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,51439
ポリマ－192,8233
非ポリマー1,69136
水56,4413133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23750 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area47830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.617, 124.705, 83.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1766-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEAA147 - 7466 - 605
21ILEILEBB147 - 7466 - 605
12ASPASPAA147 - 7456 - 604
22ASPASPCC147 - 7456 - 604
13ASPASPBB147 - 7456 - 604
23ASPASPCC147 - 7456 - 604

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 tailspike gp27


分子量: 64274.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi297 (ファージ)
遺伝子: phi297_00061 / プラスミド: pTSL, pET-23 derivative with SlyD leader / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834/DE3 / 参照: UniProt: H2BD96

-
非ポリマー , 5種, 3169分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8256.36
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法717% Glycerol, 11% PEG 4000, 0.1M Hepes pH 7.0 15 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法712% PEG 4000, 0.2M Amm acetate, 0.1M Hepes pH 7.0 20 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→46.47 Å / Num. all: 321302 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.52→1.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 45160 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.99 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 1.639 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11953 16066 5 %RANDOM
Rwork0.07876 ---
all0.08081 321302 --
obs0.08081 305236 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.05 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13474 0 96 3133 16703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01914448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0213185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.9419789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.391330275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82751943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59523.569622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.961152083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7051595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02117344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.31.4147575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2741.4127567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5892.139579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5892.139580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5131.5976873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5131.5976874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6752.33510211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.92816.44419392
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.92816.44519393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.409327633
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free60.4225748
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.032529677
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A367500.07
12B367500.07
21A367360.06
22C367360.06
31B371450.06
32C371450.06
LS精密化 シェル解像度: 1.519→1.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 1114 -
Rwork0.124 21162 -
obs--92.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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