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万見
- PDB-4rs7: Structure of pNOB8 ParB-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rs7
タイトルStructure of pNOB8 ParB-C
要素ParB-C
キーワードDNA BINDING PROTEIN / histone-like fold / DNA segregation
機能・相同性Ssol_1539-like, second domain / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / identical protein binding / ParB/Sulfiredoxin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Lee, J. / Chinnam, N.B. / Barilla, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Lee, J. / Rodriguez-Castaneda, F.A. / Chinnam, N.B. / Kalliomaa-Sanford, A.K. / Ng, I.W. / Barge, M.T. / Shaw, P.L. / Barilla, D.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: ParB-C
D: ParB-C
A: ParB-C
B: ParB-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9004
ポリマ－46,9004
非ポリマー00
水6,593366
1
R: ParB-C
D: ParB-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4502
ポリマ－23,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
2
A: ParB-C
B: ParB-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4502
ポリマ－23,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.210, 56.060, 72.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ParB-C


分子量: 11725.104 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 375-470 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O93707
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, PEG8000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979, 0.980, 0.9252
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日
放射モノクロメーター: double flat crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.981
30.92521
反射解像度: 1.9→37.34 Å / Num. all: 59766 / Num. obs: 59754 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.34 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 3881 6.49 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1951 59754 96.38 %-
all-59766 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.72 Å2 / ksol: 0.417 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7354 Å2-0 Å21.57 Å2
2---7.234 Å2-0 Å2
3---3.4986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2987 0 0 366 3353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7114098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.891191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96780.30823720.25155647X-RAY DIFFRACTION97
1.9678-2.04650.27114200.21855617X-RAY DIFFRACTION98
2.0465-2.13970.23973620.20525680X-RAY DIFFRACTION97
2.1397-2.25250.25714260.20845618X-RAY DIFFRACTION97
2.2525-2.39360.21743650.19825589X-RAY DIFFRACTION96
2.3936-2.57830.21923990.19025598X-RAY DIFFRACTION97
2.5783-2.83770.28093750.20385565X-RAY DIFFRACTION96
2.8377-3.24810.23443770.19925521X-RAY DIFFRACTION95
3.2481-4.09150.18423920.16975563X-RAY DIFFRACTION96
4.0915-37.34750.19593930.17695475X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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