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- PDB-4rr2: Crystal structure of human primase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rr2
タイトルCrystal structure of human primase
要素
  • DNA primase large subunit
  • DNA primase small subunit
キーワードTRANSFERASE / POL ALPHA / PRIMASE / DNA REPLICATION / POLYMERASE / IRON-SULFUR CLUSTER / DNA-BINDING / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / METAL-BINDING / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / PHOSPHOPROTEIN / PRIMOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleotide binding / DNA primase AEP / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Telomere C-strand synthesis initiation / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate ...ribonucleotide binding / DNA primase AEP / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Telomere C-strand synthesis initiation / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, synthesis of primer / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / DNA-directed RNA polymerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #80 / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, PRIM domain / : / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit N-terminal domain / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit ...Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #80 / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, PRIM domain / : / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit N-terminal domain / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit C-terminal domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Baranovskiy, A.G. / Gu, J. / Suwa, Y. / Babayeva, N.D. / Tahirov, T.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the human primase.
著者: Baranovskiy, A.G. / Zhang, Y. / Suwa, Y. / Babayeva, N.D. / Gu, J. / Pavlov, Y.I. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase small subunit
B: DNA primase large subunit
C: DNA primase small subunit
D: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,2267
ポリマ－217,7444
非ポリマー4823
水1,58588
1
A: DNA primase small subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9373
ポリマ－108,8722
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
2
C: DNA primase small subunit
D: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2894
ポリマ－108,8722
非ポリマー4172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area39310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.195, 88.899, 94.682
Angle α, β, γ (deg.)93.82, 96.57, 111.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 DNA primase small subunit / DNA primase 49 kDa subunit / p49


分子量: 49981.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2(DE3)
参照: UniProt: P49642, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 58890.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2(DE3)
参照: UniProt: P49643, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 72404 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.69-2.743.40.48523645193.6
2.64-2.693.40.5841.633732193.2
2.6-2.643.30.6531.533697193.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→48.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1705624.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ZONAL SCALING AND BULK SOLVENT CORRECTION WERE APPLIED TO STRUCTURE FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3385 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 66240 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.5284 Å2 / ksol: 0.404389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å24.85 Å22.05 Å2
2---0.16 Å21.32 Å2
3----0.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11798 0 10 88 11896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.922.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 513 4.9 %
Rwork0.369 10002 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4sf4.parsf4.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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