PDB-4rqy: RE-REFINED STRUCTURE OF 1TE0 - STRUCTURAL ANALYSIS of DEGS, A STR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rqy

タイトル

RE-REFINED STRUCTURE OF 1TE0 - STRUCTURAL ANALYSIS of DEGS, A STRESS SENSOR OF THE BACTERIAL PERIPLASM

要素

Protease degS

キーワード

HYDROLASE / TWO DOMAINS / SERINE PROTEASE / PDZ / ALPHA-BETA PROTEIN / stress response / htra

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.204 Å

データ登録者

Sauer, R.T. / Grant, R.A.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of DegS, a stress sensor of the bacterial periplasm.
著者: Zeth, K.

履歴

登録	2014年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 0

THIS ENTRY 4RQY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1TE0SF ORIGINAL DATA ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rqy.cif.gz	328.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rqy.ent.gz	276 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rqy_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rqy_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	4rqy_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	4rqy_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/4rqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rqzC 4rr0C 4rr1C 1te0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1te0-2 1te0-1 6ew9-d 3gco-1 3gdv-d 5jd8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease degS

B: Protease degS

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protease degS

ヘテロ分子

A: Protease degS

ヘテロ分子

A: Protease degS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protease degS

登録者が定義した集合体
101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Protease degS

ヘテロ分子

x 12

B: Protease degS

x 12

ソフトウェアが定義した集合体
814 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+1,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	7_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	8_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_656	-y+1,z,-x+1	1
crystal symmetry operation	11_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	12_665	-y+1,-z+1,x	1
crystal symmetry operation	13_555	x+1/2,y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	14_555	-x+1/2,-y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	15_555	-x+1/2,y+1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	16_555	x+1/2,-y+1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	17_555	z+1/2,x+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	18_555	z+1/2,-x+1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	19_555	-z+1/2,-x+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	20_555	-z+1/2,x+1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	21_555	y+1/2,z+1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	22_555	-y+1/2,z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	23_555	y+1/2,-z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	24_555	-y+1/2,-z+1/2,x+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.280, 166.280, 166.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Protease degS 分子量: 33807.105 Da / 分子数: 2 / 断片: protease and pdz domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: degS, P12B_c3347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9UXC8, UniProt: P0AEE3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.59 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1TE0

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
PHENIX	dev_1760	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 2.204→28.517 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	1927	5.03 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1838	38289	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.3995 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.204→28.517 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4360	0	10	135	4505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	6004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.798	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	733
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2036-2.2587	0.2751	118	0.2443	2355	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2587-2.3197	0.2746	135	0.2238	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3197-2.3879	0.2259	152	0.2057	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3879-2.465	0.2827	142	0.1964	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.465-2.553	0.2225	148	0.1931	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.553-2.6552	0.2405	151	0.1928	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6552-2.7759	0.271	125	0.1924	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7759-2.9221	0.229	131	0.1992	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9221-3.105	0.2604	142	0.1904	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.105-3.3444	0.2568	132	0.1919	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3444-3.6803	0.225	129	0.1808	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6803-4.2114	0.1931	133	0.17	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2114-5.3004	0.1784	146	0.1533	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3004-28.5192	0.2146	143	0.1867	2694	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5984	-0.5373	0.579	1.2548	0.0781	1.6252	-0.0254	-0.113	-0.2598	0.0683	0.0461	0.2465	0.0305	-0.2149	-0.0231	0.329	-0.0073	0.007	0.2606	-0.0142	0.3524	33.4048	60.5918	54.7807
2	2.2923	-1.6047	-0.7242	1.9111	1.5914	2.1342	-0.0267	-0.2024	0.3711	-0.0164	0.1569	-0.1405	-0.1382	0.1029	-0.1168	0.2754	-0.0456	0.0306	0.345	-0.0219	0.4763	9.5471	35.1971	33.8372
3	5.7765	-0.0575	-0.9616	5.0205	-0.8181	6.5433	-0.0027	0.7045	-0.1607	-0.8328	0.2224	0.3703	-0.0663	-0.4821	-0.1245	0.5759	-0.0366	-0.1275	0.3879	0.0167	0.4337	30.6194	81.8558	26.5318
4	7.0024	-2.6441	1.3037	6.0333	-1.9628	5.8978	-0.205	-1.1766	-1.1277	1.3136	0.0817	-1.6641	0.4995	0.9114	0.0725	0.8695	0.1591	-0.2502	0.9035	0.1877	1.0743	5.7237	17.3669	64.1972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 38:256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resseq 37:256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 257:353
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resseq 257:352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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