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- PDB-4rqt: Alcohol Dehydrogenase Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rqt
タイトルAlcohol Dehydrogenase Crystal Structure
要素Alcohol dehydrogenase class-P
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to flooding / positive regulation of cellular response to hypoxia / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / response to abscisic acid / response to sucrose / response to water deprivation / alcohol dehydrogenase / response to caffeine / response to osmotic stress / response to salt stress ...response to flooding / positive regulation of cellular response to hypoxia / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / response to abscisic acid / response to sucrose / response to water deprivation / alcohol dehydrogenase / response to caffeine / response to osmotic stress / response to salt stress / response to cold / response to hydrogen peroxide / response to estradiol / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / nucleotide binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Alcohol dehydrogenase class-P
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xu, Y.W.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2014
タイトル: Structural insight into the conformational change of alcohol dehydrogenase from arabidopsis Thalianal during coenzyme binding.
著者: Chen, F. / Wang, P. / An, Y. / Huang, J. / Xu, Y.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3187
ポリマ－40,8391
非ポリマー4796
水3,243180
1
A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,63514
ポリマ－81,6772
非ポリマー95812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
Buried area4680 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.604, 103.604, 168.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase class-P


分子量: 40838.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADH, ADH1, Arabidopsis thaliana, At1g77120, F22K20.19
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06525, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.9
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M acetate pH5.9, 1% glycerol, EVAPORATION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 24400 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FZW

2fzw


解像度: 2.3→49.505 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2005 1717 7.05 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.1648 24362 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 21 180 3064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8384000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2281070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36770.20841280.17621842X-RAY DIFFRACTION100
2.3677-2.44410.2211570.16471817X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.53150.22481480.16041846X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.63280.22171430.17041851X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.75260.22361300.17011862X-RAY DIFFRACTION100
2.7526-2.89780.21761490.17321869X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.07930.21961290.18041871X-RAY DIFFRACTION100
3.0793-3.3170.19931470.17291872X-RAY DIFFRACTION100
3.317-3.65070.21931550.1581882X-RAY DIFFRACTION100
3.6507-4.17870.19061470.14191905X-RAY DIFFRACTION100
4.1787-5.26380.15641440.13821940X-RAY DIFFRACTION100
5.2638-49.51690.19691400.18012088X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4989 Å / Origin y: 51.7213 Å / Origin z: 89.1612 Å
111213212223313233
T0.2166 Å20.0246 Å2-0.0483 Å2-0.21 Å2-0.0075 Å2--0.174 Å2
L1.0189 °2-1.2139 °20.127 °2-2.5104 °2-0.178 °2--0.2618 °2
S0.0799 Å °0.1538 Å °-0.0921 Å °-0.117 Å °-0.0409 Å °0.1657 Å °0.0466 Å °0.0073 Å °-0.0339 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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