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万見
- PDB-4rpn: PcpR inducer binding domain complex with pentachlorophenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rpn
タイトルPcpR inducer binding domain complex with pentachlorophenol
要素PCP degradation transcriptional activation protein
キーワードTRANSCRIPTION / LysR family transcriptional regulator / inducer binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTACHLOROPHENOL / PCP degradation transcriptional activation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium chlorophenolicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.272 Å
データ登録者Hayes, R.P. / Moural, T.W. / Lewis, K.M. / Onofrei, D. / Xun, L. / Kang, C.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2014
タイトル: Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
著者: Hayes, R.P. / Moural, T.W. / Lewis, K.M. / Onofrei, D. / Xun, L. / Kang, C.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: PCP degradation transcriptional activation protein
C: PCP degradation transcriptional activation protein
A: PCP degradation transcriptional activation protein
B: PCP degradation transcriptional activation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,55012
ポリマ－101,4204
非ポリマー2,1318
水6,179343
1
D: PCP degradation transcriptional activation protein
C: PCP degradation transcriptional activation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7756
ポリマ－50,7102
非ポリマー1,0654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
2
A: PCP degradation transcriptional activation protein
B: PCP degradation transcriptional activation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7756
ポリマ－50,7102
非ポリマー1,0654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.048, 169.048, 110.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
PCP degradation transcriptional activation protein


分子量: 25354.889 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 85-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium chlorophenolicum (バクテリア)
遺伝子: pcpR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52679
#2: 化合物
ChemComp-PCI / PENTACHLOROPHENOL / ペンタクロロフェノ-ル


分子量: 266.337 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6HCl5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% w/v polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 53656 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.27-2.31184.9
2.31-2.35195.5
2.35-2.4198.9
2.4-2.45199.9
2.45-2.51100
2.5-2.561100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RNS

4rns


解像度: 2.272→49.456 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 2026 3.78 %
Rwork0.1767 --
obs0.1782 53635 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.272→49.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6995 0 96 343 7434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0189910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2952650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.272-2.32920.27981360.2173323X-RAY DIFFRACTION90
2.3292-2.39220.27791320.20453679X-RAY DIFFRACTION98
2.3922-2.46250.26371380.20743723X-RAY DIFFRACTION100
2.4625-2.5420.21021550.18973706X-RAY DIFFRACTION100
2.542-2.63290.22231380.20113722X-RAY DIFFRACTION100
2.6329-2.73830.23431590.2013707X-RAY DIFFRACTION100
2.7383-2.86290.25331380.20333717X-RAY DIFFRACTION100
2.8629-3.01380.23661510.19153735X-RAY DIFFRACTION100
3.0138-3.20260.26361520.19673717X-RAY DIFFRACTION100
3.2026-3.44980.22981430.18963713X-RAY DIFFRACTION100
3.4498-3.79690.22331630.17823682X-RAY DIFFRACTION100
3.7969-4.3460.19521480.16093747X-RAY DIFFRACTION100
4.346-5.47440.16731390.14553723X-RAY DIFFRACTION100
5.4744-49.46760.18271340.1583715X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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