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- PDB-4rp9: Bacterial vitamin C transporter UlaA/SgaT in C2 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rp9
タイトルBacterial vitamin C transporter UlaA/SgaT in C2 form
要素Ascorbate-specific permease IIC component UlaA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PTS / Vitamin C transporter / L-Ascorbate / L-Ascorbate-6-P
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phosphocysteine-L-ascorbate-phosphotransferase system transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, sugar-specific permease component / : / PTS system sugar-specific permease component
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / TRISTEAROYLGLYCEROL / Ascorbate-specific PTS system EIIC component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Wang, J.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of a phosphorylation-coupled vitamin C transporter.
著者: Luo, P. / Yu, X. / Wang, W. / Fan, S. / Li, X. / Wang, J.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Structure summary
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate-specific permease IIC component UlaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4689
ポリマ－50,7661
非ポリマー2,7028
水6,684371
1
A: Ascorbate-specific permease IIC component UlaA
ヘテロ分子

A: Ascorbate-specific permease IIC component UlaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,93618
ポリマ－101,5322
非ポリマー5,40316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area13750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.663, 85.812, 83.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-624-

HOH

21A-879-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ascorbate-specific permease IIC component UlaA / Ascorbate-specific PTS system EIIC component


分子量: 50766.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ulaA, sgaT, yjfS, b4193, JW5744 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39301

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糖 , 2種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#3: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 375分子

#4: 化合物 ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.1M NaCl, 30%(v/v) polyethyleneglycol(PEG)400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.02245 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 71471 / % possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.651→32.791 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 3483 4.87 %
Rwork0.1338 --
obs0.1358 71470 94.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→32.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 186 371 4007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3865044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8031366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007591
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.651-1.67340.33711020.2517184164
1.6734-1.69730.2791210.2409203272
1.6973-1.72270.2831130.2058235783
1.7227-1.74960.28181330.193274595
1.7496-1.77830.23331300.1768282397
1.7783-1.80890.19911210.1642280498
1.8089-1.84180.2291420.1574276998
1.8418-1.87720.22451350.1464285298
1.8772-1.91550.24381360.1426281098
1.9155-1.95720.19731120.1332283798
1.9572-2.00270.16731320.1262279998
2.0027-2.05280.17171670.1168280998
2.0528-2.10830.1751570.1082280798
2.1083-2.17030.1371530.0998282698
2.1703-2.24030.141480.094279598
2.2403-2.32040.14551560.0962284699
2.3204-2.41330.13341490.0934277898
2.4133-2.52310.15461450.0905286899
2.5231-2.6560.13411480.0968283199
2.656-2.82240.14331570.1038282699
2.8224-3.04010.13951310.1173285598
3.0401-3.34580.17981510.1344276996
3.3458-3.82930.17741460.1394276396
3.8293-4.82210.15861470.1505276795
4.8221-32.79710.20411510.187277894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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