PDB-4rox: Crystal Structure of P Domain of Hawaii Norovirus (GII.1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rox

タイトル

Crystal Structure of P Domain of Hawaii Norovirus (GII.1)

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus Binding / HBGA / Virus surface / Protruding domain / Surface domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: mSphere / 年: 2016
タイトル: Structural Constraints on Human Norovirus Binding to Histo-Blood Group Antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rox.cif.gz	249.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rox.ent.gz	201.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rox_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rox_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	4rox_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	4rox_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/4rox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/4rox	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rpbC 4rpdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vex-d 5lkk-d 4z4u-d 4rpd-d 3ver-d 3vf4-d 4wze-d 4z4y-d 3vez-d 3q39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.060, 78.160, 74.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 221 - 525 / Label seq-ID: 1 - 305

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 33650.586 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain residues 225-525 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス) 株: Hu/NLV/Hawaii virus/1971/US / 遺伝子: VP1, U07611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9XXB7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M KCl, 20% w/v PEG 3350, 2ul drops with 1:1 protein:precipitant ratio, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, vapor diffusion, hanging drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979961 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日

放射

モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979961 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→37.33 Å / Num. obs: 110624 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 8.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.86-1.91	0.538	0.604	1.31	14866	8212	7974	0.816	97.1
1.91-1.96	0.685	0.435	1.9	15208	8055	8004	0.588	99.4
1.96-2.02	0.815	0.326	2.43	14918	7822	7777	0.442	99.4
2.02-2.08	0.868	0.248	3.27	14443	7617	7546	0.336	99.1
2.08-2.15	0.919	0.196	4	14037	7353	7311	0.265	99.4
2.15-2.22	0.941	0.159	4.96	13644	7135	7080	0.215	99.2
2.22-2.31	0.963	0.126	5.95	13174	6927	6870	0.172	99.2
2.31-2.4	0.97	0.108	6.92	12740	6637	6598	0.146	99.4
2.4-2.51	0.973	0.098	7.77	12175	6354	6314	0.133	99.4
2.51-2.63	0.98	0.081	9.15	11651	6073	6030	0.11	99.3
2.63-2.77	0.988	0.066	10.67	11028	5784	5733	0.09	99.1
2.77-2.94	0.992	0.055	12.55	10479	5485	5451	0.076	99.4
2.94-3.14	0.993	0.044	15.07	9634	5100	5052	0.061	99.1
3.14-3.4	0.994	0.039	17.24	9051	4833	4790	0.054	99.1
3.4-3.72	0.995	0.036	18.85	8061	4360	4299	0.05	98.6
3.72-4.16	0.995	0.032	20.68	7426	4018	3964	0.044	98.7
4.16-4.8	0.995	0.032	21.22	6286	3479	3430	0.044	98.6
4.8-5.88	0.996	0.029	21.88	5707	2982	2961	0.04	99.3
5.88-8.32	0.996	0.029	21.38	4386	2315	2286	0.041	98.7
8.32-37.33	0.995	0.029	21.7	2092	1262	1154	0.04	91.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.11 Å	39.75 Å
Translation	5.11 Å	39.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1690)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→37.33 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	5265	4.98 %
R_work	0.1773	100402	-
obs	0.1785	105667	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.61 Å² / B_iso mean: 37.68 Å² / B_iso min: 17.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4599	0	28	306	4933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	6533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	865
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.04	1720

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2802	X-RAY DIFFRACTION	1.007	TORSIONAL
1	2	B	2802	X-RAY DIFFRACTION	1.007	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.89-1.9115	0.3575	171	0.3322	3334	3505	100
1.9115-1.934	0.3331	179	0.2902	3404	3583	99
1.934-1.9576	0.2913	178	0.279	3385	3563	100
1.9576-1.9823	0.2642	171	0.2606	3281	3452	100
1.9823-2.0084	0.2708	178	0.2421	3373	3551	100
2.0084-2.0359	0.215	180	0.227	3422	3602	100
2.0359-2.065	0.2425	174	0.2152	3282	3456	99
2.065-2.0958	0.2054	180	0.2134	3393	3573	99
2.0958-2.1286	0.2589	171	0.2043	3296	3467	100
2.1286-2.1635	0.2445	177	0.2073	3387	3564	100
2.1635-2.2008	0.2053	178	0.2068	3330	3508	100
2.2008-2.2408	0.2108	179	0.1997	3371	3550	99
2.2408-2.2839	0.1998	173	0.1913	3342	3515	99
2.2839-2.3305	0.21	173	0.1845	3324	3497	100
2.3305-2.3812	0.2078	175	0.1769	3316	3491	100
2.3812-2.4365	0.228	182	0.1794	3413	3595	100
2.4365-2.4975	0.2057	178	0.1825	3388	3566	100
2.4975-2.565	0.2209	172	0.1819	3346	3518	100
2.565-2.6404	0.2134	172	0.1901	3272	3444	100
2.6404-2.7256	0.2149	176	0.1827	3355	3531	99
2.7256-2.823	0.2399	174	0.1818	3351	3525	100
2.823-2.936	0.2137	176	0.1768	3370	3546	100
2.936-3.0696	0.1869	181	0.173	3401	3582	99
3.0696-3.2313	0.1964	171	0.1722	3297	3468	99
3.2313-3.4336	0.2079	176	0.1721	3333	3509	99
3.4336-3.6985	0.1935	172	0.1647	3334	3506	99
3.6985-4.0703	0.1821	176	0.1484	3337	3513	99
4.0703-4.6583	0.1675	179	0.1404	3378	3557	99
4.6583-5.8653	0.1414	170	0.1486	3318	3488	100
5.8653-37.3372	0.1884	173	0.1672	3269	3442	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3614	0.0553	-0.5315	2.3338	0.3056	1.6048	0.0667	-0.0153	0.1295	-0.0858	0.0335	0.1573	-0.2181	0.0335	-0.0447	0.2173	-0.0304	-0.0073	0.1697	0.0004	0.1874	-10.5542	5.0321	75.5594
2	1.6564	0.9916	-0.7071	3.3486	-0.3384	1.0454	-0.0724	0.1146	0.2426	-0.176	0.1713	0.6476	-0.1145	-0.221	-0.1316	0.3355	0.0445	-0.0824	0.2929	0.0583	0.3674	-24.2537	7.4173	71.1444
3	1.7368	-0.3541	-0.5763	1.7822	0.5669	2.4283	-0.0316	-0.0777	0.0269	-0.2683	0.138	-0.3556	-0.0007	0.4648	-0.0798	0.2142	-0.0411	0.0343	0.2776	-0.0402	0.2449	4.3247	-2.5428	70.8405
4	2.782	0.5113	0.8235	2.3068	-0.0908	1.8214	-0.088	-0.0745	0.0349	0.1283	0.1136	-0.0121	-0.1395	0.3043	0.0022	0.2059	0.0097	-0.0035	0.2448	-0.0257	0.1701	-9.7094	-4.7834	91.7302
5	1.5122	0.4909	0.4609	4.4321	0.892	2.6026	-0.2196	-0.3233	-0.1197	0.3854	0.0874	0.5554	0.1702	0.005	0.1483	0.2932	0.0433	0.0571	0.2511	0.0461	0.3023	-21.6023	-13.9651	96.6786
6	3.319	0.7562	0.713	3.3767	1.1916	3.3746	-0.0741	0.0884	-0.3063	-0.3841	0.1681	0.1793	0.273	-0.1849	-0.1369	0.245	-0.0099	-0.0002	0.1475	0.0109	0.2151	-14.4933	-17.4991	78.7979
7	3.5235	-3.1212	4.0786	3.9285	-2.5988	6.1595	-0.3666	0.2663	-0.0786	-0.236	-0.0679	0.1549	0.0047	0.0277	0.6402	0.5789	-0.0157	-0.0023	0.3024	-0.0053	0.3975	-20.7433	-23.5888	70.4469
8	0.8301	0.0039	-0.3809	3.3353	-1.6286	3.1843	-0.0424	0.2143	-0.1516	-0.5403	0.1297	0.3371	0.2712	-0.1775	-0.09	0.3144	-0.0655	-0.0649	0.2526	-0.0267	0.3619	-23.5675	-18.296	73.0884
9	7.5958	-3.7669	-3.8741	7.284	3.9453	7.5454	0.0423	0.3691	-0.1965	-1.1526	0.2914	0.1452	-0.0254	0.263	-0.2688	0.3997	-0.0824	-0.0602	0.1841	0.0516	0.3229	-23.0083	-14.8131	67.5629
10	1.7116	0.3998	-0.114	1.6556	0.4762	2.0594	-0.1049	-0.1878	-0.0495	0.3181	0.0812	0.2328	0.1214	0.0123	0.0261	0.2276	0.0531	0.0348	0.2081	0.0452	0.2221	-18.3154	-12.0911	93.7417
11	2.5909	0.4166	-0.9853	5.0402	-0.1172	2.8553	-0.0582	-0.5285	0.0831	0.4608	0.2042	0.1716	0.1069	0.2043	-0.1698	0.3254	0.0676	0.0379	0.3297	0.0027	0.1755	-16.1374	-4.8518	103.407
12	4.29	-1.5239	0.2158	2.4003	-1.9647	3.4592	-0.0852	-0.7696	-0.0161	0.6409	0.1593	-0.1081	-0.0932	0.7861	-0.0444	0.4431	0.1121	-0.0804	0.5971	-0.0786	0.2342	-8.3635	-6.6115	108.2239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 221 through 330 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 331 through 409 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 410 through 525 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 222 through 247 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 248 through 267 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 268 through 293 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 294 through 316 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 317 through 370 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 371 through 389 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 390 through 479 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 480 through 508 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 509 through 525 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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