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- PDB-4rot: Crystal structure of esterase A from Streptococcus pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rot
タイトルCrystal structure of esterase A from Streptococcus pyogenes
要素Esterase A
キーワードHYDROLASE / hydrolase esterase acyltransferase / acylglycerase / hydrolysis
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / OXALATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bennett, M.D. / Holland, R. / Coulibaly, F. / Loo, T.S. / Norris, G.E. / Anderson, B.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of esterase A from Streptococcus pyogenes
著者: Bennett, M.D. / Holland, R. / Coulibaly, F. / Loo, T.S. / Norris, G.E. / Anderson, B.F.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0133
ポリマ－30,8601
非ポリマー1532
水5,855325
1
A: Esterase A
ヘテロ分子

A: Esterase A
ヘテロ分子

A: Esterase A
ヘテロ分子

A: Esterase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,05212
ポリマ－123,4394
非ポリマー6148
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area14870 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area36570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.980, 103.980, 133.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

ZN

21A-302-

OXL

31A-302-

OXL

41A-408-

HOH

51A-520-

HOH

61A-540-

HOH

71A-679-

HOH

81A-719-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Esterase A


分子量: 30859.648 Da / 分子数: 1 / 変異: L156N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: Est A, HMPREF1245_1265 / プラスミド: pProEXHTb SPyTBEsterase / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V6W522, carboxylesterase, arylesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 20% PEG4000, 10% 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.93937
シンクロトロンESRF ID2920.93957
シンクロトロンESRF ID2930.89844
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年9月24日Toroidal Mirror
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年9月24日Toroidal Mirror
ADSC QUANTUM 2103CCD2005年9月24日Toroidal Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1high resolution Si(311) cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2high resolution Si(311) cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3high resolution Si(311) cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.939371
20.939571
30.898441
反射解像度: 1.75→15 Å / Num. all: 37068 / Num. obs: 37068 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.496 / Num. unique all: 3658 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→14.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.896 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19319 1724 5.1 %RANDOM
Rwork0.15759 ---
all0.15941 34036 --
obs0.15941 32310 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 7 325 2505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1071.9373098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00834773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.795279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.77924.661118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80715376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.746158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7271.2211086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7261.221085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6251.821360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6241.821361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4551.4311195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.461.4141189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8092.0241727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.31711.3312950
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.95710.6052803
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 112 -
Rwork0.189 2331 -
obs-2331 99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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